超灵敏RNA二级结构预测工具和史上最强数据库

RNA与DNA指挥生命体生产所需蛋白，DNA包含遗传信息，RNA将信息的编码指令传递给细胞内的蛋白质制造点。

DNA主要是完全碱基配对的双螺旋结构，相对DNA二级结构，RNA序列形成的结构更复杂。RNA互补碱基对形成的保守二级结构有时甚至比序列本身重要。RNA二级结构类型包括单链RNA、配对的双链RNA螺旋、茎环或发卡、内饰环、突环和接触或多环等。现有的RNA二级结构预测工具不能准确地发现和描述假结（pseudoknot）、相吻发卡（kissing hairpin）和发卡-突环接触（hairpin）等结构。

这款名为“bpRNA”的软件是一款强大的RNA二级结构的大数据注释工具。“它能解析RNA结构，包括复杂的假节。所以你最终将得到一个客观的、精确的、容易理解的，以及包括所有茎、环和假结信息的描述，”通讯作者David Hendrix说。“你还可以得到每个结构的定位、序列和侧翼碱基对。它将方便我们大规模地研究RNA结构。”

一些RNA分子不编码蛋白，它们被称为非编码RNAs（ncRNAs）。“大量例子证明ncRNAs突变与很多疾病有关，突变可能影响了RNA的结构。为了统计突变与疾病的关联原因，我们必须自动化地解析RNA结构，”理学院生物物理学和生物化学助理教授Hendrix说。“RNA也是生命中最基本、最基础的分子之一，我们有必要了解RNAs的结构，以便理解它们的功能。”

“公平的说，我们创建的是一个元数据库（meta-database），特殊的是这个工具能注释一切，”也是工学院助理教授的Hendrix说。“我们提供了一个色彩编码地图，这些注释让我们能够识别可能对RNA结构形成起作用的统计趋势，为机器学习算法开启了一扇大门，在未来，所有结构特征都将以自动化的方式被呈现。”

如今，研究人员已经用超过10万种结构成功地测试这款工具，其中许多结构都非常复杂，包含众多的令人难以分辨的假结。

“每天都有新RNA被发现，研究者们正在理解RNA和其功能方面大踏步前进，”Hendrix说。“我们开始认识到，除了信使RNA之外，基因组中还存在非编码RNA，它们也是重要的生物分子，对人类健康和疾病具有重大影响。”

Magna Nuclear RIP™Kit ― 非编码RNA（lncRNA、enhancer RNA 、miRNA等）与蛋白相互作用创新技术

原文检索：bpRNA: large-scale automated annotation and analysis of RNA secondary structure

（生物通：伍松）