RNA

问题：当我有一些bulk RNA-seq数据，例如高生存率与低生存率的患者组织、疾病与正常的患者组织、存在药物反应与无药物反应的患者组织。我如何找到能够影响这些条件的确切的细胞类型？

Bulk数据是由多种细胞类型共同构成的（就是一块肉，里面什么细胞都有）。利用Bulk数据识别临床相关细胞是非常困难的。

这里推荐一个工具——scAB，这个工具能够根据有label注释的bulk RNA-seq以及一套单细胞数据，找到与临床条件相关的细胞。如下图所示

在该文章中利用了癌症组织与正常组织作为例子，简单的描述了该方法能够得到的结果。其中与癌症最相关的是恶性细胞（malignant cells）。个人认为这个方法最大的作用就是锁定某种细胞类型进行后续分析，所以做到这一步大抵上可以了。

除了上述结果，scAB会将与临床标签相关细胞（scAB cell）亚分类，表明不同亚分类特异的生物学功能。

该算法同样鼓励用整体scAB cell与不相关细胞进行比较

代码如下