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继续学习 Python-Core-50-Courses，配套视频链接后台回复 Python语言基础视频 可获得原作者分享链接。 几篇推文进行回溯： Python语言基础50课 Python语言基础50课(2) 我的Python - 100天笔记 |D1-D7 我的Python - 100天笔记 |D8-D14 今天的推文内容主要涵盖：集合& 列表生成式(统计ATCG含量)；函数与模块(内置函数)，下面就进入正题： 集合我们常说的Python五大标准的数据类型为： Numbers(数字) String(字符串) List(列表) Tuple(元组) Dictionary(字典) 还有一个数据类型日常用的比较少，因此没有怎么涉及。直到最近看到的一个案例，到也是一个方法。 我将例子简化到核心，需求为 统计一条序列的中 ATCG的含量，直接上代码： myseq = 'CTAGCGCcttagcatcctatcatgttcacNNNATCTCTAGCGCGGCAT'print([x+'% :{:.2%}'.format(myseq.count(x)/len(myseq)) for x in set(myseq.upper())])上面的代码主要是两个点(1)列表生成式；(2)集合 上期我们提到的表达式： [exp for iter_var in iterable]也就是说，一般情况下，我们去遍历ATCG，上述的代码也会根据下面的步骤进行： myseq = 'CTAGCGCcttagcatcctatcatgttcacNNNATCTCTAGCGCGGCAT'for x in set(myseq.upper()): print(x+'% :{:.2%}'.format(myseq.count(x)/len(myseq)))还有一个是集合，用到了其中的第二条特性，对序列去重，不同手写一个存一个列表：) 无序性：一个集合中的元素的地位都是相同的，元素之间是无序的。 互异性：一个集合中每个元素只能出现一次，即去冗余。 确定性：给定一个集合，任给一个元素，该元素或者属于或者不属于该集合，二者必居其一，不允许有模棱两可的情况出现。 再者，顺便考虑了N的存在，在序列计算过程中我们使用了 upper() 函数进行统一大写，便于计算。 在Python中，创建集合可以使用{}字面量语法，{}中需要至少有一个元素，因为没有元素的{}并不是空集合而是一个空字典。 注意：不能通过 set = {} 定义一个空集合。 集合的计算和数学中的集合概念一样，我们可以进行交集、并集、差集等运算。
贴一个代码示例： set1 = {1, 2, 3, 4, 5, 6, 7}set2 = {2, 4, 6, 8, 10}# 交集# 方法一: 使用 & 运算符print(set1 & set2) # {2, 4, 6}# 方法二: 使用intersection方法print(set1.intersection(set2)) # {2, 4, 6}# 并集# 方法一: 使用 | 运算符print(set1 | set2) # {1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 10}# 方法二: 使用union方法print(set1.union(set2)) # {1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 10}# 差集# 方法一: 使用 - 运算符print(set1 - set2) # {1, 3, 5, 7}# 方法二: 使用difference方法print(set1.difference(set2)) # {1, 3, 5, 7}# 对称差# 方法一: 使用 ^ 运算符print(set1 ^ set2) # {1, 3, 5, 7, 8, 10}# 方法二: 使用symmetric_difference方法print(set1.symmetric_difference(set2)) # {1, 3, 5, 7, 8, 10}# 方法三: 对称差相当于两个集合的并集减去交集print((set1 | set2) - (set1 & set2)) # {1, 3, 5, 7, 8, 10}在交集的并集上，pandas中的 merge 函数也是一把好手，有兴趣可以翻阅一下 ↓↓↓ 五行核心代码轻松实现Vlookup函数匹配 大土豆力，公众号：生信菜鸟团五行核心代码轻松实现Vlookup函数匹配 函数和模块函数使用 我们之前聊过函数的基本写法及优势，也清楚函数名就可以认作是一个变量，因此在自定义函数时需要避免使用重复的名字去定义函数名，例如： def foo(): print('hello, world!')def foo(): print('goodbye, world!')foo()这个结果会怎么样？当然，一个项目或者简单实现功能的时候，不需要也不能够简单避免同一个变量名所带来的麻烦。但是，在多人开发的流程中会出现这个问题。因此，就要引入 模块这个概念来解决这个冲突。 模块是什么？ 简单来说，每一个python文件可以看作一个模块，而不同的模块中函数名(变量名)可以重复。使用上面的例子来看，构建两个文件： $ less module1.pydef foo(): print('hello, world!')$ less module2.pydef foo(): print('goodbye, world!')调用的几种方法： import 过程中使用as关键字可以对模块进行别名； import module1import module2 as m2module1.foo() # hello, world!m2.foo() # goodbye, world!使用from...import...语法从模块中直接导入需要使用的函数 from module1 import foofoo() # hello, world!from module2 import foofoo() # goodbye, world! 内置函数说明补充一下内置函数的说明，内置函数是指不需要import就能够直接使用： 详细内容可以点击原文查看官方文档 http://docs.python.org/3/library/functions.html 下面罗列结果不常见的进行说明： 函数说明bin把一个整数转换成以'0b'开头的二进制字符串，例如：bin(123)会返回'0b1111011'。chr将Unicode编码转换成对应的字符，例如：chr(8364)会返回'€'。hex将一个整数转换成以'0x'开头的十六进制字符串，例如：hex(123)会返回'0x7b'。oct把一个整数转换成以'0o'开头的八进制字符串，例如：oct(123)会返回'0o173'。ord将字符转换成对应的Unicode编码，例如：ord('€')会返回8364。pow求幂运算，例如：pow(2, 3)会返回8；pow(2, 0.5)会返回1.4142135623730951。一行代码的优雅，继续前行。 参考资料 pandas 0.25.3 documentation jackfrued/ Python-Core-50-Courses https://www.cnblogs.com/yyds/p/6281453.html往期推荐 ComplexHeatmap包更新支持pheatmap转换 4种绘制带误差线的柱形图Python语言基础50课 Python语言基础50课(2) 生信技能树目前已经公开了三个生信知识库，记得来关注哦~ 每周文献分享 https://www.yuque.com/biotrainee/weeklypaper 肿瘤外显子分析指南 https://www.yuque.com/biotrainee/wes 生物统计从理论到实践 https://www.yuque.com/biotrainee/biostat 友情宣传强烈建议你推荐给身边的博士后以及年轻生物学PI，多一点数据认知，让他们的科研上一个台阶： •生信爆款入门-全球听(买一得五)(第4期) ，你的生物信息学入门课。•数据挖掘第2期(两天变三周，实力加量)，医学生/医生首选技能提高课。•生信技能树的2019年终总结 ，你的生物信息学成长宝藏•2020学习主旋律，B站74小时免费教学视频为你领路 |
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