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对于pca , nmds, pcoa 这些排序分析来说,我们可以从图中看出样本的排列规则,比如分成了几组。 为例样本分组更加的直观,我们可以根据实验设计时的样本分组情况,对属于同一个group的样本添加1个椭圆或者其他多边形。 新版本的ggplot2 中提供了stat_ellipse 这个stat, 可以方便的实现上面的效果。 代码示例: ggplot(faithful, aes(waiting, eruptions, color = eruptions > 3)) + geom_point() + stat_ellipse(level = 0.8) + stat_ellipse(level = 0.9)效果图如下: 通过stat_ellipse 简单有方便,其中的level 参数指定了拟合椭圆的路径时的置信度,这个数值越大,椭圆覆盖的点就越多; 这里我添加两个椭圆,只是为了美观,ggplot2 图层叠加的语法使得添加多个椭圆这么方便,不得不为其设计者点赞; 在旧版本的ggplot2 中, 是没有stat_ellipse; 而官方的开发者在新版的ggplot2 中加入了这一功能,可想而知这个应用的受欢迎程度, 除了添加椭圆,也可以使用多边形来描述分组,也很美观,只不过代码没有椭圆那么简洁 代码示例: library(ggplot2) library(plyr) ggplot(faithful, aes(waiting, eruptions, color = eruptions > 3)) + geom_point() + stat_ellipse() # faithful # x y group # 1 2 1 # 1 3 1 # 2 5 2 # 1 3 2 faithful$group 3] |
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