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怎样获得氨基酸序列的ORF长度？
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前面给大家介绍了 ☞基因预测软件ORFfinder 的网页版本 ORFfinder的网址： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/ 使用起来还是很方便快捷的，当手上的序列不是很多的时候，完全可以满足分析需求。但是，一旦要分析的序列有成百上千条的时候，这个网页工具就显得有些力不从心了。今天小编在给大家介绍一下ORFfinder的本地版。 小编一向喜欢使用本地版本的工具，在 ☞ DEapp(差异表达分析)本地版——自由飞翔，中我就提到过网络应用的局限性。 这个网站搞不好那天就不存在了（NCBI大概率不会，不过也不是没有出现过无法访问的情况）服务器搞不好哪天就负载过重down掉了（有可能，有段时间还在募捐）用的人多了，你的任务还要排队，什么时候排得上谁也说不准上传文件有大小限制数据安全性谁也不能保证废话不多说，我们言归正传。 首先，我们要下载ORFfinder本地版软件，注意这个工具需要运行在Linux系统下，windows不行。打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/，红框中就是ORFfinder的下载链接，也指明了是Linux x64位  点击它，进入如下页面：  点击下载 ORFfinder.gz即可。 我们创建一个文件夹software，命令是： mkdir software然后将ORFfinder.gz拷贝到software文件夹下，通过如下命令解压，然后修改一下ORFfinder的属性，让他可以被执行 gzip -d ORFfinder.gz chmod 777 ORFfinder关于Linux下的一些常用命令，可以参考 ☞生物信息学Linux入门 关于ORFfinder工具的使用方法，可以点击Parent Directory到上一级目录进行查看。  CHANGELOG.txt：版本更改日志 FASTA_example.fsa：一个示例的FASTA文件 ORFfinder.asn_spec.txt：感觉没什么用，有知道的小伙伴，可以给小编留言。 USAGE.txt：使用说明 我们下载FASTA_example.fsa和USAGE.txt，也拷贝到software文件夹下面。 最后我们的文件夹下面的内容是这样的。  这里记录下使用过程中必须指定的一些参数，小编添加了一些注释帮助大家理解。其实跟网页版本的参数设置是差不多的。 *** Input query options (one of them has to be provided): //查询文件 -in name of file with the nucleotide sequence in FASTA format (more than one sequence is allowed) Default = `' -id Accession or gi number of the nucleotide sequence (ignored, if the file name is provided) Default = `' *** Query sequence details: //查询细节 -b //要处理的序列片段的起始地址 默认值= 1 Start address of sequence fragment to be processed Default = `1' -e //要处理的序列片段的终止地址（0-到末尾 顺序） 默认值= 0 Stop address of sequence fragment to be processed (0 - to the end of the sequence) Default = `0' -c //暂不可用 Is the sequence circular? (t/f) *** Under development Default = `false' *** Search parameters: //搜索参数 -g Genetic code to use (1-31) see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi for details Default = `1' -s ORF start codon to use: //ORF起始密码子使用： 0 = "ATG" only //仅“ ATG” 1 = "ATG" and alternative initiation codons //“ ATG”和其他起始密码子 2 = any sense codon //任何有义密码子 Default = `1' -ml Minimal length of the ORF (nt) //ORF的最小长度（nt） Value less than 30 is automatically changed by 30. //最小30 Default = `75' -n Ignore nested ORFs (completely placed within another) //忽略嵌套的ORF Default = `false' -strand Output ORFs on specified strand only (both|plus|minus) //仅在指定链上输出ORF Default = `both' *** Output options: //输出选项 -out Output file name -outfmt Output options: 0 = list of ORFs in FASTA format //FASTA格式的ORF列表 1 = CDS in FASTA format //FASTA格式的CDS 2 = Text ASN.1 //文字ASN.1 3 = Feature table //功能表 Default = `0'下面我们开始实际操作，使用软件自带的FASTA_example.fsa进行测试。 这里需要在前面加"./", 不然会提示"ORFfinder：未找到命令" ./ORFfinder -in FASTA_example.fsa -s 0 -ml 75 -out ORF.out输出文件内容如下：  >lcl|ORF5_testseq:5094:5684 unnamed protein product 每条序列的标题中包含了，这个ORF在序列上的起始和终止位置，其实也包含了链的信息。如果起始值lcl|ORF86_testseq:4345:4166 unnamed protein product 起始值>终止值在负链上。 下面是用网页版的结果，可以看到是完全一致的。  参考资料： ☞基因预测软件ORFfinder ☞ DEapp(差异表达分析)本地版——自由飞翔 ☞生物信息学Linux入门 |
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