如何使用MEME预测序列motif？

在这个页面主要进行目标序列的motif分析，可以对DNA、RNA、蛋白序列进行motif查找，可以根据页面的提示选择合适生物学的参数进行目标序列的分析。

该页面一共有5个参数。对任何参数有问题，可以点击？图标查看帮助文档。

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3个关键参数设置

1. Input the primary sequences（上传数据）

文件的格式fasta格式

上传完文件后，MEME网站会自动检测是蛋白序列还是DNA序列；

2. Select the site distribution

默认是：Zero or one occurrence per sequence，某类型的结构域（motif）在一条序列只出现0次或1次。

3. Select the number of motifs

决定在这一组多条序列中，将被挖掘出的结构域（motif）的种类数量。默认值是3，这意味着在这一组序列中，发现的motif的数量最多3个。但有时候，我们无法预先了解这组序列实际上的结构域的数量，那么可以先填写一份较大的数值。例如10。在完成分析后，再查看分析结果中结构域的显著性。例如，如果结果中保守性达到显著水平（P＜0.05）的结构域数量是6。那么，则可以将最初的参数从“10”修改为“6”，然后重新提交数据分析一次。

在选择合理参数分析完后，填写提交个人的具体邮箱（在分析完成后，结果将会发送到你的个人邮箱），然后提交分析。

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MEME运行的结果

Motif查找的结果主要7种不同的格式呈现，并且记录运行结果的具体参数和运行时间，可以进行查看；

结果解读：

一共查找到了5种不同的motif，motif的具体结构如上图，并且给出了motif显著性的期望值（p值），site值就是找到含有该motif序列条数，width就是这个motif的具体的序列长度，可以根据科研的需要进行具体数据的下载；

对具体每条序列的motif形象化的展示，不同颜色的方块代表不同motif，方块的大小代表motif的长度，该图就可以形象展示不同序列motif的同异，下方给出 不同碱基或氨基酸的代号和具体频率。

最后可以根据研究的需要，在MEME的结果下载合适文件格式进行后续的修改和研究。

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