使用docker完成生信分析环境搭建

2024-07-11 13:02| 来源: 网络整理| 查看: 265

安装docker & docker-compose： Ubuntu 16.04 #下载安装脚本安装 wget -qO- https://get.docker.com/ | sh #安装docker-compose sudo apt-get install docker-compose Ubuntu 18.04 卸载旧版本docker Docker 的旧版本名称为：docker 、 docker-engine 或者 docekr-io。如果安装过旧版本的需要先卸载： $ sudo apt-get remove docker docker-engine docker.io

安装最新版本的 Docker 最新版本的 Docker 分两个版本，docker-ce(Community Edition)和docker-ee(Enterprise Edition)。CE版本是免费的，如果我们学习或者一般应用，CE足够。我们安装社区版：由于docker安装需要使用https，所以需要使 apt 支持 https 的拉取方式。

2.1 安装 https 相关的软件包

$ sudo apt-get update # 先更新一下软件源库信息 $ sudo apt-get install \ apt-transport-https \ ca-certificates \ curl \ software-properties-common

2.2 设置apt仓库地址，鉴于国内网络问题，强烈建议使用国内地址添加 Docker 官方apt仓库（使用国外源）执行该命令时，如遇到长时间没有响应说明网络连接不到docker网站，需要使用国内的

# 添加 Docker 官方的 GPG 密钥 $ curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | sudo apt-key add - # 设置稳定版本的apt仓库地址 $ sudo add-apt-repository \ "deb [arch=amd64] https://download.docker.com/linux/ubuntu \ $(lsb_release -cs) \ stable" # 添加阿里云的apt仓库（使用国内源） $ curl -fsSL https://mirrors.aliyun.com/docker-ce/linux/ubuntu/gpg | sudo apt-key add - $ sudo add-apt-repository \ "deb [arch=amd64] https://mirrors.aliyun.com/docker-ce/linux/ubuntu \ $(lsb_release -cs) \ stable"

2.3 安装 docker软件

$ sudo apt-get update # 安装最新版的docker $ sudo apt-get install docker-ce # 如果要安装指定版本的docker，则使用下面的命令： $ apt-cache policy docker-ce # 查看可供安装的所有docker版本 $ sudo apt-get install docker-ce=18.03.0~ce-0~ubuntu # 安装指定版本的docker # 检查docker是否安装成功 $ docker --version # 查看安装的docker版本

2.4 安装 docker-compose

# 安装docker-compose sudo apt-get install docker-compose # 查看docker-compose 版本 docker-compose version #或者 sudo apt-get install python-pip sudo pip install docker-compose CentOS 7/8

该 centos-extras 库必须启用。默认情况下，此仓库是启用的，但是如果已禁用它，则需要重新启用它。

建议使用 overlay2 存储驱动程序。

将当前用户加入sudo用户列表，修改配置文件，避免每次换切用户

#安装环境所需编辑sudo权限#避免每次都要切回root vi /etc/sudoers # 找到这一行 root ALL=(ALL) ALL # 添加一行，bootsir为当前用户名 boosir ALL=(ALL) ALL # 找到这一行 Defaults secure_path = /sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin # 修改为 Defaults secure_path = /sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/usr/local/bin

卸载旧版本

较旧的 Docker 版本称为 docker 或 docker-engine 。如果已安装这些程序，请卸载它们以及相关的依赖项。

$ sudo yum remove docker \ docker-client \ docker-client-latest \ docker-common \ docker-latest \ docker-latest-logrotate \ docker-logrotate \ docker-engine

安装 Docker Engine-Community

使用 Docker 仓库进行安装

在新主机上首次安装 Docker Engine-Community 之前，需要设置 Docker 仓库。之后，您可以从仓库安装和更新 Docker。

设置仓库

# 安装所需的软件包。yum-utils 提供了 yum-config-manager ，并且 device mapper 存储驱动程序需要 device-mapper-persistent-data 和 lvm2 $ sudo yum install -y yum-utils device-mapper-persistent-data lvm2 # 使用以下命令来设置稳定的仓库。 $ sudo yum-config-manager \ --add-repo \ https://download.docker.com/linux/centos/docker-ce.repo

安装 Docker Engine-Community

安装最新版本的 Docker Engine-Community 和 containerd，或者转到下一步安装特定版本：

$ sudo yum install docker-ce docker-ce-cli containerd.io

如果提示您接受 GPG 密钥，请选是。

有多个 Docker 仓库吗？

如果启用了多个 Docker 仓库，则在未在 yum install 或 yum update 命令中指定版本的情况下，进行的安装或更新将始终安装最高版本，这可能不适合您的稳定性需求。

Docker 安装完默认未启动。并且已经创建好 docker 用户组，但该用户组下没有用户。

要安装特定版本的 Docker Engine-Community，请在存储库中列出可用版本，然后选择并安装：

列出并排序您存储库中可用的版本。此示例按版本号（从高到低）对结果进行排序。 $ sudo yum list docker-ce --showduplicates | sort -r docker-ce.x86_64 3:18.09.1-3.el7 docker-ce-stable docker-ce.x86_64 3:18.09.0-3.el7 docker-ce-stable docker-ce.x86_64 18.06.1.ce-3.el7 docker-ce-stable docker-ce.x86_64 18.06.0.ce-3.el7 docker-ce-stable 通过其完整的软件包名称安装特定版本，该软件包名称是软件包名称（docker-ce）加上版本字符串（第二列），从第一个冒号（:）一直到第一个连字符，并用连字符（-）分隔。例如：docker-ce-18.06.3.ce-3.el7。 $ sudo yum install docker-ce-18.06.3.ce-3.el7 docker-ce-cli containerd.io

启动 Docker。

$ sudo systemctl start docker 安装 docker-compose #或者github直接下载 sudo curl -L https://github.com/docker/compose/releases/download/1.25.0/docker-compose-`uname -s`-`uname -m` -o /usr/local/bin/docker-compose sudo chmod +x /usr/local/bin/docker-compose 9. 非root用户运行docker # 首先创建docker用户组，如果docker用户组存在可以忽略 sudo groupadd docker # 把用户添加进docker组中 sudo gpasswd -a ${USER} docker # 重启docker sudo service docker restart #或者 sudo systemctl restart docker # 如果普通用户执行docker命令，如果提示get …… dial unix /var/run/docker.sock权限不够，则修改/var/run/docker.sock权限，使用root用户执行如下命令，即可 sudo chmod a+rw /var/run/docker.sock

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