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系统发育树的美化(iTOL)

#系统发育树的美化(iTOL)| 来源: 网络整理| 查看: 265

#小白详细操作教程

1.打开网址iTOL: Interactive Tree Of Life

2.注册登录

 

3. 点击My Trees →+Tree upload(为Newick文件,后缀为.nwk),可以上传文本格式和文件格式

 

 4.点击所上传的文件,就可以看到进化树进行修改美化了

5.美化

我一般用到以下几步:

5.1基础操作

5.1.1更改进化树形状-系统默认为最合适的,但也可根据需求更改

 

5.1.2更改根结点-将鼠标放在进化树一个枝干上,右击,点击Tree structure→Root the tree at midpoint

 

 

5.1.3更改标签字号大小

 

5.1.4加粗进化树枝条

 

结果呈现:

 

5.2高级操作

5.2.1显示步长,并放大100倍比例

 

5.3更改标签背景

5.3.1手动更改,将鼠标放在所要更改的标签所在的线条上,右击鼠标

 

 

5.3.2添加注释文件

 

5.4更改标签位置

如果你想把这些基因进行分组,但是所得到的进化树不是你想要的,那可以进行位置的调整

将鼠标放在所要更改的枝条上,右击,点击进行旋转,这个经常会被覆盖住,所以常被忽略,如下图所示:

 

 以上就是使iTOL进行系统发育树的简单美化了,我还在继续学习中,之后会进行分享,希望能帮助到大家,这些都是我在网上自学的,走了不少弯路,大家有更好的方法,还请分享哈

 



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