Ka与Ks计算

kaks的计算R包seqinr::kaks()可以计算，当然更多的使用KaKs_Calculator1

软件获得在http://evolution.genomics.org.cn/software.htm.

下载解压缩后可以在里面找到windows，Linux版本以及源代码，示例文件以及帮助文档。

Ka/Ks，在遗传学中，Ka/Ks或者dN/dS表示的是异义替换（Ka）和同义替换（Ks）之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。

不导致氨基酸改变的核苷酸变异我们称为同义突变，反之则称为非同义突变。一般认为，同义突变不受自然选择，而非同义突变则受到自然选择作用。在进化分析中，了解同义突变和非同义突变发生的速率是很有意义的。常用的参数有以下几种：同义突变频率(Ks)、非同义突变频率(Ka)、非同义突变率与同义突变率的比值(Ka/Ks)。如果Ka/Ks>1，则认为有正选择效应。如果Ka/Ks=1，则认为存在中性选择。如果Ka/Ksa ATATTAGGTTTTTACCTACCCAGGAAAAGCCAACCAACCTCGATCTCTTGTAGATCTGTT CTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTAGCTGTCGCTCGGCTGCATGCCTAGTGCACCTAC >b ----TAGGTTTTTACCTACCCAGGAAAAGCCAACCAACCTCGATCTCTTGTAGATCTGTT CTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTAGCTGTCGCTCGGCTGCATGCCTAGTGCACCTAC

就前面四个我改成空位了。

可以使用

fa_to_axt.R转下，我自己写的脚本。