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"那个"PCR已经折腾我半年了!

2023-10-01 17:56| 来源: 网络整理| 查看: 265

原标题:"那个"PCR已经折腾我半年了!

做转基因克隆,最怕的就是PCR扩增失败!PCR扩增失败就无法获得目的基因,载体构建就无从谈起,转基因物种镜中水月,后续的表型分析及基因功能分析也没法进行。

实验一开始就失败,后续还怎么进行,这怎么能行!

我们的PCR为什么会失败?

根据聚合美多年超保真酶开发和售后经验,我们发现了PCR扩增失败的四个主要原因。

1

片段太长(>3kb)

3kb以上的片段就算长片段了,普通Taq酶及其mix已经解决不,必须要上超保真酶。

2

模板选择不对(cDNA还是基因DNA?)

真核生物基因有内含子和外显子,因为基因功能由其基因编码序列(CDS)或者开放阅读框(ORF)决定的,在引物设计的时候通常会选择起始码子到终止子作为扩增片段。以cDNA做模板扩增得到基因编码序列(CDS),然而,由于RNA提取不好,存在部分降解导致反转录得到的cDNA模板截短,从而无法得到全长的CDS。这种情况下,只能扩增全长的基因组DNA来进行载体构建,而全长基因组DNA往往比全长CDS长很多,扩增难度一下子增加很大。

3

GC含量或者AT含量很高

长期进化的选择压力,不同物种基因组复杂程度不同。目的基因序列复杂程度不同,所用PCR扩增的条件也不同。某些物种(比如海洋褐藻和小球藻等)基因序列的 GC含量大于 70%,而杨树、松树、线虫等基因组 GC含量非常低,只有 25-30% 。如此复杂的基因片段,用普通的聚合酶非常难扩增成功,必须选择更强大的酶,并且摸索更复杂的PCR程序。

4

扩增得到很多杂带或者目的片段非常暗

目的片段也扩增出来了,但有很多非特异扩增,目的条带往往非常暗,怎么调整PCR程序也很难增加目的片段的亮度,使得后面做胶回收非常困难,这时亟需选择特异性强的酶。

“长又亮”Neo超保真酶,让您PCR一次就成功!

踌躇满志要在科研上大展身手的您怎能被小小的PCR挫伤士气!

针对以上问题,聚合美研发团队潜心打磨三年,历经上万次挫折,终于找到了解决长片段/ 复杂片段扩增的金钥匙---“长又亮”Neo超保真酶!

展开全文

让您PCR一次就成功,拿下实验开门红!

“长又亮” Neo超保真酶( MF947)是在聚合美高成功率PCR酶( MF740 )基础上添加了“延伸增强剂”和“抗 GC抑制剂”而精制而成的 PCR酶。其最大的改变在 PCRBuffer从原来的10x改为现在的 2x,让延伸增强剂和抗GC抑制剂能够得到充分的溶解,使其功能最大化。在保持超高速扩增速度的同时,进一步提高了对 粗提样品、长片段、高 GC或高 AT难扩增序列的扩增效率。

两大突出优点:

1

超强延伸性,更适合长片段扩增

A、最适合长片段扩增,以人基因组DNA为模板最大可扩增30kb的片段;对拟南芥、水稻等最大可以扩增20kb的片段。

B、实现了4-6kb/min的超高速循环(粗样品推荐2-3kb/min),极大缩短 PCR循环时间;

C、非常适合高GC/高AT片段的扩增,物种适应性更加宽泛,通吃所有物种。

2

非常适合粗提样品的扩增,与聚合美最佳扩增伴侣(MF859 )完美搭配

A、提高了对农杆菌、酵母、植物裂解液和小鼠尾巴的扩增效率;

B、降低了环境样本,比如土壤、食品中各种抑制物的阻碍;

C、对多糖多酚(烟草、番茄、马铃薯等)都有较好的扩增。

实验案例(客户实验反馈图):

1

扩增拟南芥基因组DNA( 8.5kb)和水稻基因组 DNA( 8kb)

1-4拟南芥基因组DNA为模板; 5-8水稻基因组DNA为模板

2

扩增水稻高GC基因组 DNA( 1.8kb)、质粒全长 DNA( 9kb)

1-2水稻基因组DNA为模板;3-6质粒DNA为模板

“长又亮”Neo超保真酶春季促销活动火热进行中!

●限时五折优惠

●五折基础上“买二赠一”,买超保真酶(MF947-01)两支送 抗体法qPCR mix 5ml (MF013/MF787),买超保真酶mix(MF743-01)两支送 二代胶红核酸染料 (MF079-plus-01 )一支!

温馨提示:

● 扩增超过10kb的目的片段时,推荐使用OPC以上纯化级度,27mer以上的引物。另外,3 端有错配的引物,可能会受到本酶校正。

● “长又亮”超保真酶PCR产物的克隆:由于本酶的PCR产物已被平滑化,可用平末端克隆法进行克隆。利用聚合美平末端TOPO载体MF021 ,可以直接转化DH 5a ,得到阳性克隆。

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