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Kegg通路或者GO本体论富集分析是基因功能注释最常见的分析,结果可以以多种形式展示,最常用的包括:条形图/bar图,气泡图/dot图等,其中气泡图输入数据一般包括以下4个维度的信息: 名字,富集倍数(或者gene ratio),P值,基因count。 例如: pathway enrichment pvalue count RNA transport 4.807258641 1.56E-05 15 Epstein-Barr virus infection 4.569261748 2.70E-05 16 HTLV-I infection 3.814616521 0.000153244 17 Tuberculosis 3.454180941 0.000351414 13 MAPK signaling pathway 3.378131581 0.000418667 16 Neurotrophin signaling pathway 3.212102971 0.000613617 10 Long-term potentiation 3.000035266 0.000999919 7 Dopaminergic synapse 2.967026455 0.001078881 10 Endocytosis 2.841316731 0.001441064 15 Herpes simplex infection 2.775219173 0.001677957 12 4维分析结果 做出来的例图如下(微生信平台免费在线做气泡图)
富集气泡图 该图包含的4维信息有: Y轴的通路名(pathway,结果表格的第一列)X轴的富集倍数(enrichment,结果表格的第二列)点的颜色(P值,结果表格的第三列)点的大小(count,该通路中包含的基因与输入基因列表交集的基因数)。其中基因的信息就丢失了,那么我们能否将基因的信息也加入到图中呢?答案是肯定的! 让我们先来看看5维的分析结果,以clusterProfiler结果为例:
Description GeneRatio pvalue geneID Count Circadian rhythm 0.014085 0.010497623 RORA/RORB 2 NOD-like receptor signaling pathway 0.028169 0.03303255 CASP8/TRIP6/MAPK8/CASP1 4 PPAR signaling pathway 0.028169 0.008761306 CD36/AQP7/LPL/CYP4A11 4 Viral myocarditis 0.028169 0.009484362 CASP8/MYH7/SGCB/SGCD 4 Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) 0.042254 0.014532337 MYH7/MYL2/MYL3/SGCB/SGCD/SLC8A1 6 Dilated cardiomyopathy 0.042254 0.020924238 MYH7/MYL2/MYL3/SGCB/SGCD/SLC8A1 6 Osteoclast differentiation 0.049296 0.034284302 LILRB5/MAPK8/FHL2/FCGR1A/IFNGR2/FOS/LILRB3 7 Phagosome 0.049296 0.018180176 TUBA3D/THBS4/SFTPD/CD36/FCGR1A/TUBA3E/DYNC1I1 7 Huntington's disease 0.056338 0.001736229 TBPL1/CASP8/VDAC3/CREB5/PPID/CLTB/NDUFA12/GRIN2B 8 5 根据这里的基因,我们可以在气泡图的基础上,添加一个基因维度,列出基因名字。若下图所示(瞬间眼前一亮有没有) 升级版的5维富集气泡图 该图左侧为基因,右侧为常规的气泡图。 包含的5维信息有: Y轴的通路名(pathway,结果表格的第一列)X轴的基因ratio(gene ratio,结果表格的第二列)点的颜色(P值,结果表格的第三列)基因名字(结果表格的第四列,图中左侧的桑吉图,连线表示隶属关系)点的大小(count,结果表格的第五列)
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