老司机带你解锁ImageJ批量处理图片

接下来给大家回顾ImageJ添加标尺的常规方法与省时高效的批量添加标尺的方法！

ImageJ添加标尺的基本步骤：

1、打开一张有标尺的图片，使用 MagnifyingGlass（放大镜）工具放大标尺，使用 直线工具Shift沿着标尺画一条直线：

2、Analyze -> Set Scale进入标尺设置界面：

直线的距离为77.3333pixels，已知距离是25μm，Unit of length为μm，Global对所有后续打开图片有效，否则只对当前图片有效，Scale为3.0933 pixels/μm，点击OK可见图片右上角显示图片的长宽单位为μm：

3、Analyze -> Tools ->Scale Bar给无标尺的图片添加标尺：

依次设置标尺大小、外观、字体、颜色、位置等。点击OK就能方便的添加标尺了，如上图添加了一个红色的25μm的标尺。

应用实例二

如果实验中忘记给图片添加标尺，可使用ImageJ进行批量添加， 步骤如下：

1、本次使用软件为Fiji（ImageJ的版本之一）。现有一系列无标尺的同尺寸图片，打开相同条件下获得的有标尺的图片，根据基本方法校正标尺，得到该标尺为4.65 pixels/μm：

2、Plugins -> Macros -> Record…录制宏，Analyze -> Tools-> Scale Bar添加标尺，点击Create创建宏：

3、将一系列无标尺的图片放至无标尺文件夹，新建一个空的命名为有标尺的文件夹。Process -> Batch -> Macro进入Batch Process窗口。选择输入文件夹为无标尺文件夹，选择输出文件夹为有标尺文件夹。输出图片格式为TIFF，将录制好的宏复制粘贴至下方文本框中，点击Process进行批量添加操作：

打开有标尺文件夹，可见每张图片均已添加了一个50μm的标尺：

本方法使用 宏批量的给无标尺的图片添加了标尺，大大提高了效率，节省了时间。

举一反三

宏广泛应用于快速、批量的图片处理。例如在Pubmed搜索(imagej) AND (macro)可得到152篇检索结果：

我们来看看有哪些有意思的宏。记得曾经有人留言需要分析线粒体形态的ImageJ教程，半夏曾经分享过一个名为 MiNA的宏【2】，有兴趣的小伙伴可在往期查找。

此外与检索关键词最匹配的结果是一个计算核浆比的宏，2018年5月发表在BiotechnologyJournal（最新影响因子3.912）上：

写一个实用的宏可发表SCI论文，对我们自己而言可以录制宏进行批处理提高工作效率。

1、例如批量进行R、G、B荧光通道拆分。

拆分通道基本操作为Image -> Color -> Split Channels。

后续录制宏后使用Batch Process可进行批量操作。

2、快速划痕面积分析。

在往期内容中半夏曾给大家分享过一篇名为“重磅分享：30秒搞定划痕实验面积分析！”https://mp.weixin.qq.com/s/wm5MWSNvAxllLWF45A5wjg 。该方法可以快速、批量、准确的分析划痕面积，本质上也是宏的使用。有兴趣的小伙伴可以学习学习！

学习扩展

如何使用PS添加标尺？

步骤：

1、PS打开一张带有标尺的免疫组化图片：

2、放大标尺：

选择切片工具沿着标尺画矩形，此时矩形的宽度为标尺宽度：

右键，划分切片，选择将垂直划分为5等分，那么每个等分即为100μm。在同样条件下的无标尺的图片根据划分的结果绘制矩形即可：

今日“屠龙刀”已在手，各位小伙伴有没有跃跃欲试的冲动。今天给大家分享ImageJ的图片批量处理就到此为止了，希望对大家有所帮助！

参考文献：

ZengP, Shi Y, Wang XM, et al. Emodin Rescued Hyperhomocysteinemia-Induced Dementiaand Alzheimer's Disease-Like Features in Rats. Int J Neuropsychopharmacol.2019;22(1):57-70. doi:10.1093/ijnp/pyy090

END

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