Prism作图与统计（四）

上期我们对T检验（非参数检验）、单/双因素方差分析及卡方检验进行了说明与实例分析。本期是Prism作图与统计的最后一期内容了。主要包括我们上提到的多元统计方法中的生存分析与相关性分析。

此部分内容还是先从统计说起，然后用实例演示分析与作图过程，此外还会介绍Prism鲜为人知的作图彩蛋。希望这个系列能让大家更准确地把握统计分析与高效制图。

生存分析是对一个或多个非负随机变量进行统计推断，研究生存现象和响应时间数据及其统计规律的一门学科。与多因素分析不同的是：生存分析考虑了每个观测出现某一结局的时间长短。主要应用于人或动物的存活（相对于死亡），也可以是患者的病情正处于缓解状态（相对于复发或恶化），常常用追踪的方式来研究事物发展的规律。

生存分析主要采用Kaplan-Meier检验。此外Log Rank、Breslow和Tarone-Ware法均可用于检验生存分布是否相同，区别在于Log Rank适用于各时间点权重一样的比较；Breslow适用于各时间点的观察例数为权重的比较；而Tarone-Ware适合于以各时间点的观察例数的平方根为权重的比较。（用SPSS或Prism统计数据时注意区分）

PS：生存分析中还存在许多诸如起始事件、终点事件、生存时间或完全数据、不完全数据等统计学概念，请大家自行查询，下面是小编总结的一个示意图

2．生存分析实例（Kaplan Meier检验）

小编用最近看到的一篇文章（PMID: 31727683）中的图1A来进行举例说明。该图显示高miR-541与低miR-541表达肝癌病人的存活率。

接下来我们进行数据模拟和分析作图。具体步骤如下：

1）新建生存数据分析，数据输入：选择Survival表格，进入数据输入页面，输入模拟数据。在这里我们随机输入了40个数据，每组各20个（文章中多于此数据）。其中0代表live，1代表dead；X轴代表存活时间（months），A、B分别代表miR-541高表达组和低表达组。

2）数据分析：选择Survival curve，进入选项窗口，依次按图中1、2、3指示选择合适的数据比较方法和数据表示方法，然后确定。

3）数据统计：完成以上操作后，数据会计算出来，我们能看到数据统计界面以及两种方法的数据统计结果。由于我们在模拟数据时，各时间点的权重均为“1”（时间无影响，即注重远期效应），所以选择看Log-rank检验的数据，及其P value。

4）图像输出：完成上述分析后，我们点击Graphs下方得到初步图片，然后再进行修改和美化。首先双击High组，修改其为红色标识。然后双击横坐标，修改横坐标最大为80 months。最后修改坐标轴等信息即可完成制图。

二、相关性分析与回归曲线

1．线性相关的分类与描述（熟悉此部分统计基本概念的小伙伴请忽略）

相关性分析是衡量两个变量因素的相关密切程度，主要包含：Pearson相关和Spearman相关。其中Pearson相关是用于度量两个变量之间的相关（线性相关），其值介于-1与1之间（两个变量A和B：正相关/负相关）。Spearman相关是等级变量之间的Pearson相关系数（等级变量：如免疫组化：阴性/弱阳性/中等阳性/强阳性）。

2．相关性分析实例

1）Pearson相关，我们还是以上述文章（PMID: 31727683）中的图4I（下图左）来进行统计分析与作图，分析肝癌患者中ATG2A基因与miR-541的相关性。

首先我们选择XY数据表格，进行数据模拟（下图右）。然后选择linear regression分析，进入参数设置界面（这里选择默认）。

完成参数设置后点击“ok”，输出计算结果。重要的结果说明如下图所示。

最后，手动敲入R与P值，调整坐标轴等美化和修改图片，最后输出图片。

2）Spearman相关

我们以PMID: 28837144文章中的图7b为例（下图左），进行数据模拟作图分析。此结果是分析结直肠癌组织中lncRNA XIST与ZEB1表达的相关性。

首先我们新建XY数据模型、输入模拟数据。然后选择统计参数，最后查看结果并作图（注意拟合曲线仍选用linear regression分析），在这里不在详细赘述，简要过程见配图。

三、作图彩蛋之Prism作热图

现在很多文章中都有热图的出现，热图不仅可以用Excel和R语言，更新后的Prism也可以实现火山图的绘制。我们以PMID: 313521032这篇文章中的图4A来为大家举例说明。

直接进入正题，先选择grouped的模拟数据。输入完毕在Graphs下的图片，选择Heat Map，可以初步完成图片（两组及以上的方法相同）。

然后双击图片，更改热图的颜色、Title、标尺、边框等，简要过程如下，最后输出图片。是不是很简单呢？

四、总结

这是Prism统计与作图系列的最后一期内容，小编在这里首先感谢大家对投必得学术的支持，希望这三期内容能让大家更加了解生物统计及作图。Prism的功能还有很多，小编以后也会跟大家继续分享一些应用中的小彩蛋。如果有任何疑问，大家也可在评论区留言或在我们的微信群内讨论学习。虽然Prism每个版本都会有改进，但始终是一款绘图为基础的软件，在数据处理方面还是不如SPSS等专业软件功能丰富。也请大家持续关注我们，将我们的资源分享给更多的小伙伴，一起快乐学习，共同进步！