rdkit安装指南

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1 rdkit

RDKit是一个用于化学信息学的开源工具包，基于对化合物2D和3D分子操作，利用机器学习方法进行化合物描述符生成，fingerprint生成，化合物结构相似性计算，2D和3D分子展示等。基于PYTHON语言进行调取使用。

官网：https://rdkit.org 官方安装文档：ttps://github.com/rdkit/rdkit/blob/master/Docs/Book/Install.md

第二个链接介绍的非常清楚, 对于英语好的朋友推荐大家直接阅读.

因为又很多化学领域的小伙伴需要安装rdkit, 博主尽量写的详细一点, 有不清楚的地方可以在评论留言~

2 安装

博主推荐步骤：

2.1 安装Anaconda并换源：

Anaconda是一个非常非常常用的包管理工具, 我们几乎可以通过conda安装所有我们需要的包

去清华大学镜像网站下载自己操作系统的Anaconda :清华Anaconda 这里推荐下载最新的Anaconda, Windwos与Linux具体操作百度搜索其他博客更换包加载源(为之后做准备, 不然创建个新环境都慢的要死 ) conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/ # 设置搜索时显示通道地址 conda config --set show_channel_urls yes 2.2 用Anaconda创建一个新的虚环境

虚环境抽象理解: 就像有的时候我们需要Python3,有的时候需要Python2, 如果把各种可能需要的Python版本都装到电脑中, 加载在电脑的环境变量里, 管理成本是非常高的. 我们日常不同的实验,不同的项目也需要各种不同种类不同版本的包, 因此为了相互干扰, 我们可以创建一个新的虚环境, 在这个虚环境中下载各种包, 选择指定版本的Python, 当我们想做某实验时, 需要这一系列的包, 直接加载个这虚环境就好了.

创建虚环境

conda create -n your_env_name python=3.6 # your_env_name 是你随便起一个环境的名字 # python=X.X 是指定python版本, 博主为了兼容tensorflow等包这里选择3.6

激活(进入)虚环境

#windows系统: conda activate rdkit_py36 #linux系统: conda activate rdkit_py36 # 出bug 就加source在前面

发现命令行前边带一个括号: (rdkit_py36)xxxx , 说明进入环境成功

如果不想用了,关闭虚环境:

#windows conda deactivate #linux conda deactivate # 出bug 就加source在前面 2.3 简单粗暴安装: conda install -c rdkit rdkit # 解释: -c 是选择channels, 选择从哪里下载, 第一个rdkit是通道,第二个是我们需要的rdkit包 3 一些conda小指令判断是否安装成功 conda info -e #查看所有的虚环境 conda remove -n xxx --all #删除某个虚环境 conda list #查看已经安装的包 conda config --show # 查看所有的通道(包括各种配置信息) 4 可能出现的问题: 4.1 安装时找不到rdkit(E: Unable to locate package python-rdkit)

通过指定通道的方式解决

#使用推荐的方法 conda install -c rdkit rdkit 4.2 安装时rdkit不动弹(卡在0%)

换一个通道试试,

conda install -c conda-forge rdkit 4.3 Solving environment: failed with initial frozen solve.

conda 的版本太低了! 需要升级新的版本:

#查看当前版本: conda -V #更新conda conda update -n base conda #再看一下,是不是升级了 conda -V

在这里插入图片描述

5 开始使用rdkit!

执行:

python3 #先在shell中进入python环境 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw smi = 'CCCc1nn(C)c2C(=O)NC(=Nc12)c3cc(ccc3OCC)S(=O)(=O)N4CCN(C)CC4' m = Chem.MolFromSmiles(smi) Draw.MolToImageFile(m,"mol.jpg") # 在当前的文件夹下找到我们一个图片就是mol.jpg

在这里插入图片描述

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