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欢迎关注”生信修炼手册”! channels是conda下载包的镜像网站,通过如下命令可以查看已有的channels conda config --show channels channels: - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/ - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/ - defaults以清华的镜像为例 >https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 每个url对应的是不同操作系统平台的文件夹 在操作系统对应的目录下,是具体的安装包,后缀为tar.bz2 >https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/linux-64/ 在这些安装包中,有一个比较特殊repodata.json, 存储了该目录下包含的所有包的名称,依赖,md5等信息 部分内容如下 { "info": { "arch": "x86_64", "platform": "linux", "subdir": "linux-64" }, "packages": { "_libgcc_mutex-0.1-free.tar.bz2": { "build": "free", "build_number": 0, "date": "2019-07-01", "depends": [], "md5": "f7d7639c8485ae4701aeb6add534a774", "name": "_libgcc_mutex", "size": 3129, "timestamp": 1562011672620, "track_features": "free_channel_libgcc", "version": "0.1" }, "_license-1.1-py27_0.tar.bz2": { "build": "py27_0", "build_number": 0, "date": "2013-03-01", "depends": [ "python 2.7*" ],在安装包的时候,conda会依次遍历所有的channnels,通过repodata来查找该channel是否包含需要下载的packages, 一个基本的安装过程如下 conda create -n myenv numpy Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ## Package Plan ## environment location: /media/gsadmin/vd1/heguangliang/bcbio3/anaconda/envs/myenv added / updated specs: - numpy The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- blas-1.0 | mkl 6 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free numpy-1.13.1 | py36_0 7.2 MB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free ------------------------------------------------------------ Total: 7.2 MB The following NEW packages will be INSTALLED: blas anaconda/pkgs/free/linux-64::blas-1.0-mkl certifi anaconda/pkgs/free/linux-64::certifi-2016.2.28-py36_0 mkl anaconda/pkgs/free/linux-64::mkl-2017.0.3-0 numpy anaconda/pkgs/free/linux-64::numpy-1.13.1-py36_0 openssl anaconda/pkgs/free/linux-64::openssl-1.0.2l-0 pip anaconda/pkgs/free/linux-64::pip-9.0.1-py36_1 python anaconda/pkgs/free/linux-64::python-3.6.2-0 readline anaconda/pkgs/free/linux-64::readline-6.2-2 setuptools anaconda/pkgs/free/linux-64::setuptools-36.4.0-py36_1 sqlite anaconda/pkgs/free/linux-64::sqlite-3.13.0-0 tk anaconda/pkgs/free/linux-64::tk-8.5.18-0 wheel anaconda/pkgs/free/linux-64::wheel-0.29.0-py36_0 xz anaconda/pkgs/free/linux-64::xz-5.2.3-0 zlib anaconda/pkgs/free/linux-64::zlib-1.2.11-0 Proceed ([y]/n)? Downloading and Extracting Packages numpy-1.13.1 | 7.2 MB | ################################################################################################################################# | 100% blas-1.0 | 6 KB | ################################################################################################################################# | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done # # To activate this environment, use # # $ conda activate myenv # # To deactivate an active environment, use # # $ conda deactivate对于某些不能用的镜像,会在下载repodata.json时失效,出现如下所示的报错 conda create -n myenv ggtree Collecting package metadata (current_repodata.json): failed CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url Elapsed: - An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL. HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way. ConnectionError(ReadTimeoutError("HTTPSConnectionPool(host='mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn', port=443): Read timed out.",),)此时我们就需要确认下该镜像是失效了,还是因为网络原因,如果失效的话,就考虑删除这个镜像。 当网络波动时,会出现下载失败的情况,报错如下 CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url Elapsed: - An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL. HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.此时镜像本身是没问题的,就是下载速度慢,导致下载失败,只需要多试几次即可。 对于channels而言,我们需要学会新增和删除,对应的操作如下 1. 删除 conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/2. 增加 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/config子命令的本质是在操作.condarc这个配置文件,所以我们直接在这个配置文件里进行修改也是可以的,condarc的内容示例如下 channels: - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/ - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/ - defaults ssl_verify: false show_channel_urls: true修改镜像的使用场景有以下两种,第一种是使用国内镜像,提高下载速度,第二种是为了下载特定镜像才包含的packages。镜像的修改非常简单,关键是要理解镜像的本质。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧— 原创不易,欢迎收藏,点赞,转发!生信知识浩瀚如海,在生信学习的道路上,让我们一起并肩作战! 本公众号深耕耘生信领域多年,具有丰富的数据分析经验,致力于提供真正有价值的数据分析服务,擅长个性化分析,欢迎有需要的老师和同学前来咨询。 更多精彩 KEGG数据库,除了pathway你还知道哪些 全网最完整的circos中文教程 DNA甲基化数据分析专题 突变检测数据分析专题 mRNA数据分析专题 lncRNA数据分析专题 circRNA数据分析专题 miRNA数据分析专题 单细胞转录组数据分析专题 chip_seq数据分析专题 Hi-C数据分析专题 HLA数据分析专题 TCGA肿瘤数据分析专题 基因组组装数据分析专题 CNV数据分析专题 GWAS数据分析专题 2018年推文合集 2019年推文合集 写在最后 转发本文至朋友圈,后台私信截图即可加入生信交流群,和小伙伴一起学习交流。 扫描下方二维码,关注我们,解锁更多精彩内容! 一个只分享干货的 生信公众号 |
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