个人学习记录：建树流程1

实践课课堂效果极差，基本上就能学到有哪些软件，每一步的目的都没有讲明白，一步跟不上就gg了，课上只能说是走马观花，还是得课下自己摸索一遍……

bioedit的功能还是挺多的，序列编辑、酶切位点检测啥的，这里只用一下序列碱基编辑的功能来人工校正一下序列的对其。下载安装就不说了（下载地址：https://bioedit.software.informer.com/7.2/）

win11下，bioedit的界面看着好糊，不过不耽误使用。不支持拖拽打开文件，老老实实File→open

编辑用的都在这些工具里，随便玩，瞎点点，拖拖拽拽，自然就知道是咋用的了，没啥可讲的。

玩乱了开始办正事，ctrl+z  撤回大法，太乱了就重新打开文件，或者直接Accessory Application里找ClustalW

开润

一般问题集中出现在gap两侧，着重看一下，例如我这个例子里面就是，判断依据不太好描述，只能说是凭借经验来主观地判断实际客观情况（唐突哲学）

咋样方便咋样来，弄得没问题后保存输出就行了，原先叫test.fas，改个名字，叫test1.fas

打开MEGA，这个软件更新很快，不过主体上没有大的变化。MEGA支持拖入文件打开，打开fas文件出现窗口问你如何打开，Align操作编辑序列，跟之前bioedit里的操作感觉一样，没必要去弄了，直接点分析就行了。

先算个距离矩阵

看一下用建树模型最佳是哪个，这里直接用了默认参数，一般来说应该不用调整

结果里GTR+G的模型排在最前面，先记下来

用ML法建树，使用上面得到的最佳模型。

得到树的编辑界面，边上有编辑工具，适当的美化调整就好

MEGA里面的其他方法（NJ、MP等）默认设置参数就行

总体上来说MEGA的使用还是比较直观简单的，就是ML法的模型选择有点难理解，有的时候可能最优模型是多项配合，但MEGA里不支持这种模型组合的话就只好选择排在下面的最优项了。