circRNA芯片服务

打印本文       小   中   大

þSinomics 非编码RNA芯片

近年来大量研究表明非编码RNA在人类疾病调控中扮演重要角色。为开发疾病诊断标志物和筛选新药靶标带来新方向。同时，越来越多的新的转录组实验结果表明，基因组非编码序列有绝大部分是可以表达的。越来越多的事实证明转录出来的非编码RNA具有重要的生物学功能。

相关系列芯片服务：

Sinomics lncRNA芯片、Sinomics circRNA芯片、Sinomics ceRNA芯片

Sino Human circRNA array V3.0 是一款专门用来对circular RNA(circRNA)进行检测的高通量芯片。该芯片基于国际公认circRNA权威数据库circBase收录数据为基础，以Agilent eArray平台设计的芯片。

²  设计平台：基于Agilent eArray平台设计，采用Agilent SurePrint喷墨打印技术合成，稳定性好；

²  探针特点：经典 60 mer探针长度，检出率高，重复性好；

²  检测特点：针对特异性剪接位点为中心的探针设计，检测circRNA特异性好；

²  数据来源：以国际主流circRNA数据库CircBase为主，结合现有对circRNA疾病，功能研究数据库整合，来源范围广，参考意义大；

²  检测数据：通过对circBase来源数据的去冗余，探针预设计等，最终筛选到53,635条circRNA作为检测对象。 

Sino Human circRNA array V3.0芯片数据分析

基础分析

1. 原始数据处理分析

1）数据归一化

2）箱线图

3）样本聚类图

4）样本相关性分析

5）主成份分析 (PCA)

2. 差异基因筛选

1）表达差异基因筛选

2）散点图

3）火山图

4）差异基因层级聚类热图

3. 母基因功能分析（GO/KEGG）

4. circRNA吸附miRNA预测

1.  原始数据处理分析

2.   差异基因筛选

3.  母基因功能分析（GO/KEGG）

4.  circRNA 吸附 miRNA 预测

近年的研究表明，circRNA分子富含microRNA结合位点，在细胞中起到miRNA海绵（miRNA sponge）的作用，进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表达水平，这种机制称为竞争性内源RNA（ceRNA）机制。我们通过对circRNA与miRNA可能结合的位点分析，预测circRNA吸附的miRNA分子，以便于从ceRNA角度研究circRNA的分子功能。

5.  circRNA 疾病与外泌体研究注释

circRNA与疾病的发生发展有着密切关系。虽然目前已知切确功能的circRNA不多，但已有大量相关文献报道为研究circRNA提供了参考。我们采用CSCD（http://gb.whu.edu.cn/CSCD/）数据库对目前疾病中发现的circRNA进行注释。

外泌体形成是由细胞膜内陷，形成内体(endosome)，再形成多泡体(multivesicular bodies，MVB)，最后分泌到胞外的囊泡结构。外泌体携带有母细胞的多种蛋白质、脂类、DNA和RNA（mRNA, lncRNAs, miRNAs, circRNA）等重要信息。我们采用exorbase （http://www.exorbase.org/）数据库，对已有研究的外泌体中发现的circRNA进行注释，为后续研究，特别是外泌体研究提供参考。

² circBase: http://www.circbase.org/

该数据库收录了包括人、小鼠、线虫、果蝇等在内的上万多条circRNA信息。

²  CircInteractome：https://circinteractome.nia.nih.gov/

该数据库可以检索circRNA的基本信息之外，还可以预测RBP是否能和某个circRNA结合，预测circRNA可以结合的miRNA。此外，该数据库可以对接设计circRNA的RT-PCR引物，可以设计siRNA干扰探针及鉴定潜在的核糖体结合位点（IRES）。

²  CSCD (Cancer-specific circRNAs database)：http://gb.whu.edu.cn/CSCD/

该数据库收集了87个肿瘤细胞系样本的高通量测序数据，以4中不同的主流circRNA分析方法（CIRI、find_circ、circRNA_finder、circexplorer）进行分析，对肿瘤特异性的circRNA进行了归类和注释（包含272,152个肿瘤特异circRNA）。

专注组学 精准定位 用心服务 帮您实现科研价值

Learn more

关注官方微信

Copyright ©上海鲸舟基因科技有限公司,Inc.All rights reserved.  网站地图  沪ICP备18002818号-1  沪公网安备31011502008105号

  Powered by CmsEasy  Rss