Python CT图像预处理

2023-07-15 23:13| 来源: 网络整理| 查看: 265

文章目录 nii格式CT数据读取读写nii格式文件查看重采样窗宽窗位设置方法一：手动设置窗宽窗位方法二：

nii格式CT数据读取

遇到nii格式的CT数据，可以通过nibabel包进行数据的读、写、查看等操作。下面列出常见操作。

读写nii格式文件

nibabel读取数据会将图像旋转九十度，也就是各轴的对应关系为[z,x,y]

import nibabel as nb img = nb.load(xxx.nii.gz) #读取nii格式文件 img_affine = img.affine data = img.get_data()

存储nii格式文件,保存时要联通affine矩阵一起保存

import nibabel as nb nb.Nifti1Image(data,img_affine).to_filename(xxx.nii.gz) 查看 from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D OrthoSlicer3D(data.transpose(1,2,0)).show() 重采样

CT图像的重采样是为了使体数据中大小不同的体素变得大小相同。由于CT不同轴的体素尺寸、粗细粒度不同，直接使用不利于进行深度模型的训练和推理。

首先我们可以获取先从nii文件的头文件中获取各轴单位体素对应的空间距离。

header = img.header print(header)

打印出来可见如下信息：

print(header) object, endian='

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