我的ChIP

也是很好用的，引用量超高，good at去除低质量reads，只针对illuminate数据

最重要的特点：对数据的处理步骤与参数的顺序有关！ 所以建议先去接头，否则接头被剪更无法有效去除。

PE数据常用参数： ILLMINACLIP: 注意以下参数以：隔开 : 指定包含接头和引物序列（所有被视为污染的序列）的 fasta 文件 : 第一步seed搜索时允许的mismatch个数，一般2。 : 指定针对 PE的palindrome clip模式下，需要R1和 R2之间至少多少比对分值，才会进行接头切除，例如30。 : 指定切除接头序列的最低比对分值，一般7-15之间。 : 只对 PE 测序的 palindrome clip 模式有效，指定 palindrome 模式下可以切除的接头序列最短长度，默认值是 8。但实际上 palindrome 模式可以切除短至 1bp 的接头污染，所以可以设置为 1。 重要参数！第一次做的时候没加这个参数，结果20%+的数据Unpaired，扔掉不现实，比对处理太麻烦！正确用法：只对 PE 测序的 palindrome clip 模式有效，R1 和 R2 在去除了接头序列之后剩余的部分是完全反向互补的，默认参数 false，意味着整条去除与 R1 完全反向互补的 R2，当做重复去除掉，但在有些情况下，例如需要用到 paired reads 的 bowtie2 流程，就要将这个参数改为 true，否则会损失一部分 paired reads。

本次所用命令：（也是公司报告中所用的）