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前不久我们写过一期雷达图的做法(雷达图展示GSEA分析结果),用的fmsb包。后来有小伙伴反应说有比这个更好的雷达图,是一篇Immunity上的文章,也是利用雷达图展示通路富集的结果,其实也是一样,只不过是分组了,我们还是用fmsb包进行复现。 (reference:Cross-tissue single-cell landscape of human monocytes and macrophages in health and disease)这里我们也复现做一个分组的雷达图。首先我们分析了一组数据的差异基因,利用上下调差异基因做了GO富集,展示相关的结果。差异分析和GO富集都是很简单的东西了,就不再赘述了。 #首先我们做一下一组数据的差异分析,分为上下条两组基因进行富集分析 setwd('D:/KS项目/公众号文章/雷达图/分组雷达图') library(tidyverse) library(DESeq2) library(combinat) library(clusterProfiler) library(ggplot2) Two_group |
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