| Aspera下载安装使用 | 您所在的位置：网站首页 › aspera手机 › Aspera下载安装使用 |
Aspera下载安装使用
|
Aspera
Linux
安装
conda 安装
在Linux上安装Aspera，方便的还是直接通过conda进行安装(已经安装了Anaconda），在需要安装的环境下输入以下命令进行安装： $ conda install -c hcc aspera-cli -y查看是否安装成功 # 有输出帮助文档则安装成功 $ ascp -h查找密钥（下面使用会用到） $ which ascp # 输出下面内容，不同环境不一样，根据自己的来 ~/software/miniconda3/envs/test/bin/ascp把bin及bin后面的内容换成etc/asperaweb_id_dsa.openssh 可以用ls验证一下是否存在。 $ ls ~/software/miniconda3/envs/test/etc/asperaweb_id_dsa.openssh /home/wwwdj/software/miniconda3/envs/test/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 自己安装(conda 安装好了可以跳过了~) 若是要自己去官网下载软件来安装的话，这是下载命令，链接： https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64.tar.gz上面命令里的下载链接是当前最新版本3.11的，这篇文章发布后，可能会出现新版本。若需要可去官网下载。 下面这个链接包含了各个平台的软件包，不过可能需要注册账号登录才能获取下载链接。 https://www.ibm.com/support/fixcentral/swg/selectFixes?parent=ibm~Other%20software&product=ibm/Other+software/IBM+Aspera+Connect&release=All&platform=All&function=all以上面那个3.11版本的为例。 下载 $ wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64.tar.gz解压 $ tar -zxvf ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64.tar.gz安装 ## sh文件上一步解压生成的 $ ./ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64.sh设置环境变量 # 把USERNAME 换成自己的linux 账户名 $ echo """export PATH=\"/home/USERNAME/.aspera/connect/bin:\$PATH\" """ >> ~/.bashrc使之立即生效 $ source ~/.bashrc查看是否安装成功 # 有输出帮助文档则安装成功 $ ascp -h 基本语法基本语法如下，[OPTION] 是参数设置，SRC 是远程资源路径，DEST是文件保存路径。若SRC为多个文件，则保存在DEST目录下。 ascp [OPTION] SRC... DEST以一个例子作为说明 $ ascp -l 100M -P 33001 -QT -k 2 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh [email protected]:/vol1/fastq/SRR576/004/SRR5760814/SRR5760814.fastq.gz ./test.fq.gz 参数 说明 -l 最大传输速率 -i 密钥地址，自己安装都是：~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ，conda安装参照上面内容 -P -P33001，分开合起作用都是一样。设成其他可能会要输密码。Set the TCP port used for fasp session initiation. (Default: 22) -Q Enable fair transfer policy -k -k2, 分开合起作用都是一样,异常中断可以重启。Enables fatal transfer restarts. -T 禁止加密。Disable encryption for maximum throughput. SRC 位置参数，源文件地址，类似[email protected]:/vol1/fastq/SRR576/004/SRR5760814/SRR5760814.fastq.gz DEST ./test.fq.gz， 保存地址参数啥的，我也没整明白。上面参数及说明参考ebi官网 https://www.ebi.ac.uk/ega/about/ftp-aspera， 更多的参数设置参考 https://download.asperasoft.com/download/docs/ascp/2.7/html/index.html EBI数据下载之前aspera是可以下载DDBJ,EBI,NCBI三大数据库的数据的。不过现在，由于NCBI数据迁移至云服务器了，可能不太好使了。DDBJ也是可以的，但不是国内似乎用ddbj的人不怎么用，不过它也不太好用。 三大数据库，若使用apera下载数据的话，现在应是ebi的最好使，它也直接给了apera下载地址。 下面以PRJNA392105(SRP110599 )项目数据为例，演示下载。 ebi 的更直观一些，直接打开网址，输入框输入Accession号就能很容易查到数据了，然后相关信息也很全，下载链接直接就给了。 浏览器输入以下url就可以跳到相应页面（手动在ebi官网输入框输入PRJNA392105查询也可以~） https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA392105打开页面后，把网页往下滑一下能看到一下页面（可能刚打开，还没加载完，得等一会儿才能看到）点Download All可以把所有样本的信息给下载了。方便用于批量下载。
滑动下面的滑动条，能看到FASTQ Aspera，这就是aspera下载链接。若没有看到，可点击右上角的倒三角图样，把fastq_aspera勾选了。其他的信息按自己要求也可以勾选。
这里就以单个文件为例演示下载。 这是上面图片看到第一个aspera下载链接。 # ：前为服务器地址，：后为资源地址 fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR576/002/SRR5760812/SRR5760812.fastq.gz构建下载命令时，需要在下载链接前加上ebi 给的公共账户名era-fasp（好像是） 如下： $ ascp -l 100M -P 33001 -QT -k 2 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh [email protected]:/vol1/fastq/SRR576/002/SRR5760812/SRR5760812.fastq.gz ./test.fq.gz 取别名上面的命名，有些参数，基本每次都不会变动的。而每次都要输一遍，又很麻烦，因此可以用alias固定几个参数，取一个别名。 运行以下命令 $ echo "alias ascpp=\"ascp -QT -P33001 -k2 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh\"" >> ~/.bashrc $ source ~/.bashrc以上命令，利用alias 给ascp添加了几个参数（可自行设定，这里因为-l 可能会经常变动，没加上它），赋给了新的命令 ascpp，原来的ascp也是可以用的。 再次下载数据，命令就简短许多了： $ ascpp -l 100M [email protected]:/vol1/fastq/SRR576/002/SRR5760812/SRR5760812.fastq.gz ./test.fq.gz test.fq.gz 100% 1066MB 97.2Mb/s 03:57 Completed: 1092464K bytes transferred in 237 seconds (37695K bits/sec), in 1 file. DDBJ数据下载DDBJ虽然不太好用，而且现在也没有提供fastq下载地址，不过可能也有人需要下载，这里简单说一下。
下面是一个下载测试
还是以上面的PRJNA392105(SRP110599 )为例，打开ddbj数据查询网页 https://ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/
然后，按图点击操作(仅做演示，随意下载。)
得到链接后类似这样 ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/sralite/ByExp/litesra/SRX/SRX296/SRX2960632/SRR5760812/SRR5760812.sra链接改一下变成下面这样 [email protected]:ddbj_database/dra/sralite/ByExp/litesra/SRX/SRX296/SRX2960632/SRR5760812/SRR5760812.sra下载命令为： $ ascpp -l 1000M [email protected]:ddbj_database/dra/sralite/ByExp/litesra/SRX/SRX296/SRX2960632/SRR5760812/SRR5760812.sra ./test.sra 参考https://www.ebi.ac.uk/ega/about/ftp-aspera https://download.asperasoft.com/download/docs/ascp/2.7/html/index.html ps: 欢迎关注
|
看起来下载速度还不错吧。
在页面 Accession后输入SRP110599，输入PRJNA392105查询不到的。
返回页面如下
【本文地址】
| 今日新闻 |
| 推荐新闻 |
| 专题文章 |