ADF教程:X射线近边吸收光谱(XANES)、扩展X射线吸收精细结构谱(EXAFS) 您所在的位置:网站首页 apex死亡射线拓展 ADF教程:X射线近边吸收光谱(XANES)、扩展X射线吸收精细结构谱(EXAFS)

ADF教程:X射线近边吸收光谱(XANES)、扩展X射线吸收精细结构谱(EXAFS)

2023-04-13 18:26| 来源: 网络整理| 查看: 265

目录

Transition Potential方法(用于计算K边吸收)优化CH_2O 基态结构计算XANES的参数设置保存任务,并检查*.run文件结果查看SOC-TDDFT方法(用于计算L边吸收)优化 TiCl_4 基态结构计算XANES的参数设置参考材料文献Transition Potential方法(用于计算K边吸收)

以为例:

优化 CH_2O 基态结构

参考:如何优化分子的几何结构

优化结束后,可以在level中查看感兴趣的内层电子,例如A1不可约表示中的最低能级,也就是1 A1,实际上就是O原子的1s轨道。

计算XANES的参数设置

使用前面优化得到的结构。注意Main菜单(基态相关的设置)中,勾选了Unrestricted:

ADFinput > Model > Spin and Occupation > Run ADF Guess,之后修改1 A1的电子占据数,beta电子从1.0改为0.5

ADFinput > Properties > Excitations(UV/VIS),CD设置如下:

点击Select Excitations后面的…详细设置激发态:

如上图设置,只计算-20~-19.5Hartree之间的占据电子(从后面的计算结果来看,这个范围的,实际上就是O原子1s电子中,占据0.5beta电子的轨道能级。用户可以先如上所示一样,去掉激发态的设置,计算一遍基态,得到占据0.5电子的那个能级的范围,之后将激发的范围设定在这个区域)

保存任务,并检查*.run文件

提交任务前,务必检查*.run文件。2017版中,*.run文件内容如下:

#! /bin/sh "$ADFBIN/adf"

最低的激发能是532.5eV,与文献(点击打开)中,Tabe I中“Oxygen in carbonyls”H2COH2CO一致。

使用鼠标滚轮可以放大缩小图谱,也可以左右拖动。调整横坐标到正确的区域之后,可以更好地显示的吸收谱。

SOC-TDDFT方法(用于计算L边吸收)

以 TiCl_4 为例

优化 TiCl_4 基态结构

基本设置,参考:如何优化分子的几何结构,注意本例Relativity设置为Scalar,xc Functional设置为GGA-D>BP-D3(BJ),Core type:none

优化结束后,可以在level中查看感兴趣的内层电子,例如2 T2能级,实际上就是Ti的2P轨道(注意如下图中level图所示,其组分是1P:x、1P:y、1P:z,其数字1表示第1个P轨道,对没有冻芯的计算来说,Ti的第1个P轨道,实际上就是2P轨道)

计算XANES的参数设置

类似地,ADF LOGO > Spectra可以看到吸收谱。

使用鼠标滚轮可以放大缩小图谱,也可以左右拖动。调整横坐标到正确的区域之后,可以更好地显示的吸收谱。

参考材料视频讲解理论(英文)视频使用的PPTADF软件计算设置介绍(注意:1,请将文件下载后阅读,在线阅读有误差;2,内层电子去掉0.5的时候,2016版及其以前的版本可能需要同时设置Charge为0.5,否则会报错,教程中没有提到这一点,2017版则不需要)文献G. Fronzoni, R. De Francesco, and M. Stener, L2,3 edge photoabsorption spectra of bulk V2O5: a two components relativistic time dependent density functional theory description with finite cluster model J. Chem. Phys., 137 2240308 (2012)G. Barcaro, L. Sementa, A. Fortunelli, and M. Stener, Optical Properties of Silver Nanoshells from Time-Dependent Density Functional Theory Calculations, J. Phys. Chem. C, 118, 12450-12458 (2014)G. Fronzoni, G. Balducci, R. De Francesco, M. Romeo, and M. Stener, Density Functional Theory Simulation of NEXAFS Spectra of Molecules Adsorbed on Surfaces: C2H4 on Si(100) Case Study J. Phys. Chem. C, 116 18910-18919 (2012).

ADF软件提供免费试用(一般为一个月),试用申请方式参见:免费试用30天

更多软件教程请关注微信公众号费米科技,或访问官网



【本文地址】

公司简介

联系我们

今日新闻

    推荐新闻

    专题文章
      CopyRight 2018-2019 实验室设备网 版权所有