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一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点 – BioEngX

2024-06-30 19:41| 来源: 网络整理| 查看: 265

5. 得到下面的序列信息,开头直到第一个大写字母前面的所有小写字母序列即为该基因的promoter序列,你可以跟NCBI上得到的序列比对一下,看看是不是一样的呢?

 

6. 当然查找promoter的网站有很多,比如UCSC,在这里就不介绍了,大家可以自行探索,或者加小编微信amateur_1988交流。

 

转录因子结合位点的预测

1. 打开http://jaspar.genereg.net/(我这边这个网址暂时打不开了,所以我登录了这个网址:http://jaspardev.genereg.net/),输入转录因子NFAT,点击Quick Search:

 

2. 将promoter序列粘贴进入右下角的框中,选中左侧转录因子,点击SCAN:

 

3. 得到28条转录因子NFAT与IL17A的结合位点,其中Strand -1没有特殊意义,只需选择Strand 1即可。

 

4. 好了,转录因子与promoter结合位点已经有了,接下来就是愉快的通过实验验证了!Luciferase、点突变、截短、ChIP等统统拉上来就可以了!

 



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