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在进行医学图像器官分割时,无论我们是用传统方法还是深度学习,最后肯定要用到手动分割的区域作为金标准来验证我们方法的精度。但是手动标注器官的轮廓是十分耗时的,这里我介绍一个比较简单的标注方法,以肺分割作为例子。 我们使用ITK-snap作为分割标注工具。 当切片间距离比较小时,比如1mm,一个患者的完整HRCT序列通常在200张以上,如果让医生一一进行分割区域标注是非常耗时乏味的。因此,我们可以使用最简单的阈值法比如OSTU,加上基本的形态学操作对肺进行粗分割得到粗略的分割掩码,在此基础上再手动的对分割结果进行精分割,就能快速的得到一批金标准。 假设我们要对以下这张切片进行手动标注 最后将分割后的结果保存即可,segmentation—>save XXX as。 ITK-snap不能直接对原图进行三维显示,只能显示分割结果。因此我们首先打开原图,然后载入分割结果。然后在左下角将Continuous Update打钩就可以显示三维分割结果了。 有的时候分割结果可能有多个器官,我们需要进行不同颜色的显示,或者我们想改变某个分割器官的显示颜色。 只要打开label editor,改变激活标签的颜色就行,比如我这里的激活标签是Label 255。 |
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