lammps学习记录（一）CG（粗粒化）模型建模

2023-08-18 20:01| 来源: 网络整理| 查看: 265

以下均在wsl 1-Ubuntu 20.04中操作

一、建模部分 Ⅰ. 软件安装及准备 a. 所用软件：

moltemplate packmol

安装软件：

moltemplate： a. 安装pip

python2 –version # 查看python版本 sudo apt install python-pip # 安装pip 第一种方法：通过python2.6及以下版本可直接安装pip第二种方法：先通过高版本安装pip 出现ImportError: No module named pkg_resources，执行一下命令 sudo apt-get install python-pkg-resources python-setuptools --reinstall

b. 安装moltemplate

pip install moltemplate

软件下载地址（官网）软件学习教程： - 官网手册 - 官网例子在这里插入图片描述 packmol：

apt install gfortran make 安装及使用教程：http://sobereva.com/473 https://blog.chembiosim.com/Packmol-basic-01/ Ⅱ. 软件使用记录模拟

建模方式有很多种，比如：packmol软件主要功能如同MS中的AC模块（强调可编译性比AC高很多），那么可以先用packmol将分子填充进盒子，再利用moltemplate向文件中添加力场信息转换为data文件；也可以直接利用moltemplate利用阵列信息直接进行填充。

这里只是很简单的填充功能，需要其他的复杂建模还需要进一步学习。

1. 第一种建模方式

利用packmol生成珠子随机坐标文件，再利用moltemplate，将键、角、力场信息映入data文件。准备文件 water.xyz和nafion.xyz （根据文件仿写），mix_nafion+water.inp （根据教程文件更改）。

packmol

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