355话 漫长的瞬间中、356话 万花筒写轮眼的光明与黑暗、357话 天照、358话 终结。火影忍者动画中佐助与鼬交战一共持续了四集。

宇智波鼬在身患重病的情况下，鼬与佐助约定。三日后与佐助交战，在战斗中，鼬根本没有将佐助置于死地的想法，只是为了帮佐助摆脱大蛇丸的咒印束缚而假装要挖其双目，佐助被逼到极限放出杀手锏被宇智波鼬阻挡，之后佐助精疲力竭。

佐助体内的大蛇丸趁机侵占佐助的身体，宇智波鼬遂用十拳剑将大蛇丸成功封印，之后用天照烧死了大蛇丸的白蛇。之后微笑着点了下弟弟的额头，并且请求佐助最后一次原谅他。

他是为了向死在自己手中的宇智波族人赎罪和维护宇智波一族最后的名誉而选择背负一切死在佐助手中，宇智波鼬所作的一切都是为了弟弟佐助，包括死在佐助手里。