蛋白虫想要遏制并不难，但想要根除却不太容易，如果想彻底消灭它们，需要给鱼缸全面消毒。消毒前先将鱼儿捞出，用原水养在其它的地方。然后重新往缸中注水，并且加高锰酸钾后刷缸，刷完再清洗一遍。洗完后，就可以将鱼儿重新放回了。

如果鱼缸的过滤系统不好，很容易出现蛋白虫，这个时候就要加强过滤了。如果数量比较少，可以用开水烫一下滤材，如果比较多，则要全面清洗过滤设备，其中生化棉和过滤棉都要换新的，也可以用高锰酸钾给过滤设备消消毒。

蛋白虫繁殖的多，主要还是由于水太肥了，说明平时喂食太多，饵料残留在水底，为其提供了生长条件。因此需要减少投喂的用量，甚至可以几天喂一次，每次要喂到七八分饱，注意观察鱼儿的情况，食欲不强的时候就可以停喂了。

用药物消灭蛋白虫也是比较常用的方法，可以用肠虫清或敌百虫，按照一定的用量倒入水中即可。也可以将鱼儿捞出后，给它下黄药进行药浴，同时还要爆氧，温度保持在30-32℃左右，原缸还要用高锰酸钾清洗消毒。