抗生素是急性骨髓炎的重要治疗方法，多数患者经过足够疗程的抗生素治疗，能够治愈。对于慢性骨髓炎而言，抗生素治疗效果往往不好，多数患者需要手术治疗。

病变部位疼痛明显的患者，可以根据自身情况应用镇静镇痛药。

对于怀疑是急性骨髓炎的患者，根据经验给予相应的抗生素治疗，无需等待细菌培养和药敏结果，也可采取联合应用抗生素的方式进行治疗。

考虑到金黄色葡萄球菌是最常见的致病菌，临床上往往选取针对革兰氏染色阳性的抗生素或者广谱抗生素联合治疗。

儿童急性血源性骨髓炎患者，可应用青霉素/氨苄西林和氯苯霉素/双氯西林进行治疗。

金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌为最主要的致病菌。

当致病菌为金黄色葡萄球菌时，建议选用敏感性较高的万古霉素类抗生素，不推荐使用敏感性较差的青霉素G类抗生素；

当致病菌为铜绿假单胞菌时，建议选用敏感性较高的美罗培南、阿米卡星等抗生素，不推荐使用敏感性较差的头孢类抗生素。

当然，慢性骨髓炎患者也应该在使用抗生素前进行血液或者伤口分泌物培养，但血液培养阳性率不高，伤口分泌物培养容易受其他杂菌干扰，最好是在手术中取病灶组织培养。

根据培养结果，有针对性的选用敏感的抗生素。关于抗生素的使用时间，传统观点认为手术后应该继续使用6周，其中包括2周的静脉用药及4周的口服用药，但随着局部抗生素缓释系统的应用，这一观点已颇具争议。

有局部脓肿形成的的患者，可通过手术引流脓液。常用的手术方式有钻孔引流术或开窗减压，即在疼痛最明显处钻孔数个或做纵行切口，根据脓液的多少放置1~2根引流管进行脓液引流，5~10天后缝合切口。

慢性骨髓炎的治疗仍是一个挑战。由于病灶常被缺血的组织包裹，同时细菌定植后会在自身表面形成一层生物膜，血液中的抗生素难以进入病灶。所以，单纯使用抗生素一般很难彻底治愈慢性骨髓炎，通常需要联合手术治疗。然而，手术治疗后仍有相当的复发率。

因此，有学者认为骨髓炎的手术清创应参照低度恶性骨肿瘤的手术标准。通常情况下，慢性骨髓炎的手术治疗一般包括彻底清除感染的骨及周围组织以及二期骨缺损的重建。其中，良好的清创是一切手术治疗的基础。

根据患者的病变情况，采用单纯死骨切除、表皮死骨切除或骨切除的方法，彻底清除坏死的骨组织，随后应用石膏固定，直至伤口愈合，并用抗生素配合治疗。

首先彻底清除病灶，包括死骨、坏死组织等，切除不健康的骨质，充分引流，根据病情填充带皮的肌肉组织或者自身的松质骨，以有效抵御感染和重建血液循环。手术完成即缝合伤口并放置负压引流管。

对于部分不影响正常功能的病骨，诸如肋骨、腓骨中上段等可以做局部切除，有利于愈合。截肢术应用极少，部分患者的病变区域难以愈合或者出现癌变，可以考虑截肢。

采用胶布和牵引绳固定皮肤牵引，或是石膏固定的方法来固定患肢和关节，预防关节脱位和病理性骨折；还可以局部抽吸骨膜下或骨髓腔内的脓液并注入抗生素。

慢性骨髓炎治疗中的一种抗生素疗法。首先应清除病灶，再将庆大霉素和辅助剂混合制备成的抗生素串珠溶液注射到病灶内，最后放置引流管持续引流。这种方法可以使病灶区域保持高浓度的抗生素，更有利于病原体的清除。

适用于合并慢性伤口的慢性骨髓炎患者，对伤口彻底清创后，采用特制的负压吸引垫料将伤口完全覆盖，再采用无菌薄膜将无菌垫料完全覆盖，连接引流管及负压吸引装置，保持伤口处于持续负压吸引的状态。该方法，对于慢性伤口具有较好的疗效，缺点是3~5天就需要更换敷料，费用相对较高。

局部抗生素缓释系统联合Ilizarov牵拉成骨技术（骨搬运技术）多适用于Cierny-Mader Ⅳ型（弥散型）骨髓炎的治疗。彻底的清创是治疗的前提条件，手术需先清除感染骨段及周围组织，产生的骨缺损则由局部抗生素缓释系统填充。

常用的填充物有载抗生素的骨水泥（PMMA）、高纯度硫酸钙、高纯度磷酸钙、生物玻璃等。由于骨水泥不能被人体吸收且局部抗生素释放的水平不稳定，目前以被载抗生素高纯度硫酸钙取代。植入后，其短期内释放的抗生素浓度可达最小抑菌浓度（MIC）的数百倍，数周后仍有杀菌作用，其杀菌能力远超全身用药。

当局部感染控制后，可利用外固定架进行骨搬运恢复骨长度。首先在健康骨段截断骨头，然后利用外固定架以平均1mm/天（0.5mm/天~1.5mm/天）将骨段往下搬运，最终恢复骨长度。据相关文献报道，该技术治疗骨髓炎的成功率可达90%以上。

缺点是佩戴外固定架时间较长（长者可达数年），硫酸钙体内吸收可出现长时间的无菌渗液等。

膜诱导技术（Masquelet技术）是慢性骨髓炎清创后大段骨缺损修复的另一种方法，通常需要二次手术。

一期手术为清除坏死骨及周围组织，用载抗生素的骨水泥填充骨缺损，然后进行良好的软组织覆盖，一段时间后骨水泥表面会产生一层类似骨膜的诱导膜，内含丰富的成骨干细胞，有利于成骨。二期手术常在6~8周后进行，主要操作是去除骨水泥，并在膜内填充自体骨及异体骨，随着骨组织生长从而达到修补骨缺损的目的。

感染骨切除后，采用带血管的腓骨修补缺损。此技术对外科医生的显微技术要求较高，术后可能出现供区损伤、血管栓塞等并发症，且植入后需要较长时间股骨/胫骨化，应密切随访以降低再骨折等并发症。