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研究背景

今天给大家介绍的是用  R程序包limma[1]差异分析 limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具，目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法，它既可以对芯片数据进行差异分析，也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。

网址导航

http://sangerbox.com/Tool     点击“limma快速差异分析工具”

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操作方法

1.输入数据格式表达矩阵：以GEO数据-GSE54388为例进行说明，行名为Gene Symbol，列名为样本名称，如下图所示

特别注意：

1)      如果是以文件的格式将数据导入到云平台，平台默认无法读取Excel中的数据，必须将Excel文件转为以制表位符分割的文本文件，否则小工具将无法运行。

2)      将文件从本地上传到网站上应注意文件名只能用字母、数字或下划线命名不能有空格等特殊字符命名，否则将上传失败。

3)      小工具仅支持两组之间（如normal与tumour）之间作品差异分析。

4)      一般来说limma主要用于芯片数据格式和高通量测序TMP数据的差异分析