由于肿瘤或其治疗的原因，大多数颅咽管瘤生存者都会患有影响生命质量的并发症。

这些问题可能包括：

脑垂体被称为“指挥腺体”，因为它负责许多激素和控制其他腺体。垂体功能异常会导致许多问题。这些问题可能包括肥胖、血脂异常、骨密度降低和生育力降低。即使是服用激素替代药物的患者也可能会出现这些问题。

下丘脑损伤也会导致激素改变，影响生命质量。这些问题包括食欲增加、病态肥胖以及行为和情绪发生变化。 

代谢综合征是一个重要的健康问题，会影响儿童颅咽管瘤生存者的生命质量和寿命。该综合征是一组病症，包括肥胖、甘油三酯浓度高、HDL 浓度（有益胆固醇）低、高血压和高血糖。代谢综合征与心脏病、中风和糖尿病有关。 

颅咽管瘤的治疗（包括手术和放射治疗）会增加个人脑血管问题的风险。这可能会导致动脉瘤和中风。患者患癫痫和认知障碍的风险也会增大。

颅咽管瘤患儿需要由多学科团队进行持续护理，以监测疾病进展、评估激素水平和功能，并解决与疾病和/或治疗相关的健康问题。

患者还可以在治疗和生存期间通过社会心理支持获益。代表心理学、儿童医疗辅导、社会工作和其他学科的医疗团队成员可以协助应对和调整相关问题，包括社会隔离和抑郁的风险。