侵华日军第七三一部队罪证陈列馆始建于1982年，于1985年8月15日在原731部队本部大楼的东侧正式对外开放，原馆陈列照片120余幅，陈列文物200余件。侵华日军第七三一部队罪证陈列馆新馆于2015年正式建成，在纪念世界反法西斯胜利五十周年和中国人民抗日战争胜利五十周年之际对外开放。2015年7月12日，731陈列馆2014年共征集侵华日军细菌部队罪证文物4589件，全馆文物及展品达到14200件。

2023年8月5日，在黑龙江省牡丹江市举行的侵华日军细菌战与毒气战学术研讨会上，侵华日军第731部队罪证陈列馆向社会首次公布《日军哈尔滨第一陆军病院原簿》。这份档案共有36页，对全面认知日军陆军病院参与活体解剖犯罪有重要意义[1]。

2023年9月18日，侵华日军第七三一部队罪证陈列馆公开侵华日军将校军医名簿原始档案[2]。