长期擦碘伏可能会造成皮肤的屏障功能减退、对人体正常菌群产生损害、产生耐药性、色素沉着恢复时间延长等，具体如下：1、造成皮肤的屏障功能减退：碘伏属于一种比较强的氧化剂，具有明显的氧化消毒作用，如果经常性使用，可能会损伤皮肤的角质层，从而造成皮肤的屏障功能减退。2、对人体正常菌群产生损害：碘伏属于氧化剂，大面积的使用会杀灭局部的致病菌，但同时也会杀灭正常的菌群，进而造成皮肤二重感染，有可能会产生真菌感染。3、产生耐药性：长期使用碘伏可能会导致机体对碘伏的敏感度下降或者消失，从而影响治疗效果，而且也不能促进病情的恢复。4、色素沉着恢复时间延长：使用碘伏清理伤口时，有可能会出现色素沉着现象，而随着机体的代谢，多会逐渐消失，但对于长时间使用碘伏者，会出现色素沉着加重现象，导致色素沉着恢复的时间相应延长。通常情况下，如果确实存在感染，需要使用碘伏清理时，需要谨遵遗嘱，切记自行盲目使用碘伏处理，增加并发症出现几率。