南沙区疾病预防控制中心成立于2006年3月21日，同年11月加挂南沙区健康教育所牌子。成立初期，租用南沙经济技术开发区医院住院大楼办公。内设办公室、疾控科、卫生监测科、健教慢病科和检验科5个科室。承担辖区传染病、艾滋病、寄生虫和地方病、慢性非传染性疾病的防控和监测、免疫规划和健康教育，以及食品卫生、公共场所卫生、学校卫生、生活饮用水卫生监测等工作。

　　中心检验科拥有气相色谱仪，液相色谱仪，原子荧光分析仪，原子吸收分析仪，气-质联用分析仪，全自动电位滴定仪，旋转蒸发仪，荧光PCR仪，半自动细菌鉴定仪等大型仪器设备，基本可以满足区级疾控中心的业务需要。

　　2009年7月，中心搬址环市大道中11号公共卫生大楼，办公场所约1500平方米，实验室900多平方米。

　　中心领导班子一贯以“三个代表”等重要思想为指导，自觉实践科学发展观，与中心全体职工解放思想、团结务实、真抓实干，努力把中心建设成为一支精通业务、高效管理、团结和谐的疾病预防控制队伍。几年来，中心的管理、业务水平和精神文明建设不断提高，先后在市和区科研立项6项，发表论文10余篇；获“广州市创建国家卫生城市先进集体”、“南沙区先进基层党支部”和“2008年度南沙志愿（义工）服务先进集体”等先进称号。