两者最大的区别就是锰的化合价不同：高锰酸根离子中Mn化合价为+7，锰酸根离子中的Mn为+6.所以比较两者中Mn的化合价就可以区别开来。

MnO4是锰酸根或高锰酸根，颜色为高锰酸根紫红色，化合价为高锰酸根化合价-1,锰酸根-2。

区别:锰酸根中锰为+6价，溶液显绿色，只能在强碱性环境中存在，在中性和酸性环境中会发生歧化反应生成高锰酸根和低价的锰盐，是生成二氧化锰还是二价锰视PH值而定，平衡常数K很大，以至于可以认为是在酸性环境锰酸根不存在。它不能做催化剂，一般是碱性环境中高锰酸根不完全还原的产物或反应的中间产物，氧化性较强。