当企业微信进行主体认证更换后，之前保存的设置可能会受到一定影响，但具体的影响程度取决于多个因素。

首先，更换主体认证意味着企业微信的认证信息发生了变更，这可能导致之前基于旧认证信息的一些设置或功能失效或需要重新配置。例如，如果之前的某些设置是与旧认证信息紧密相关的，那么更换主体认证后，这些设置可能需要相应地调整或重新配置。

其次，企业微信开发者平台在更新和迭代过程中可能会有一些兼容性和数据迁移的问题。因此，在进行主体认证更换时，建议开发者仔细查阅企业微信的官方文档，了解更换主体认证的具体流程和注意事项，以避免不必要的麻烦。

最后，为了确保更换主体认证后应用的正常运行和数据的完整性，建议开发者在更换主体认证之前先备份好相关的应用数据和设置，以便在更换后可以快速恢复和调整。

综上所述，虽然更换主体认证可能会对一些之前保存的设置产生影响，但通过仔细规划和准备，开发者可以最大限度地减少这些影响，并确保应用的正常运行。