全草含鞣质10%，酸解产生花白素；挥发油主成分为蒎烯、倍半萜烯；树脂〔中有抗菌成分称贯叶连翘树脂Ⅰ，Ⅱ（HyperesinⅠ及Ⅱ）〕；另含维生素C、胡萝卜素、芸香甙（叶含2%，花0.095%）、金丝桃甙、槲皮甙、槲皮素、咖啡酸、绿原酸、少量皂甙、β-谷甾醇。根、茎并含癸醛、月桂酸、甘露醇。全草用稀NaOH溶液水解后，可抽提出具有抑菌能力的衣马宁（Imanin）。全草还含金丝桃属素（Hypericin），以花瓣的含量最高（0.245%）。贯叶金丝桃：全草含双蒽酮化合物：金丝桃素(hypericin)、伪金丝桃素（pseudohypericin）、原金丝桃素（pro-tohypericin）；尚含环伪金丝桃素（cyclopseudohypericin）、去甲基环伪金丝桃素（desmethylcyclopseudohypericin），并报道测定伪金丝桃素的碳原子数为30，故可能为一混合物。金丝桃素含量在幼嫩植物中较低，花期较高；花瓣中较高，叶中较低，茎中最低。蒽酚化合物：大黄素蒽酚（emodinanthranol）。挥发油：含量0.6%-1.25%（花期较多，果约2.2%）,油中含有蒎烯、2-甲基辛烷、正壬烷α-丁香烯、β-丁香烯、正辛醛、正癸醛及微量萜烯醇类。黄酮化合物：含量3.35%-7.4%，主要为金丝桃甙（hyperoside,hyperin）及芸香甙，另含槲皮甙、异槲皮甙及槲皮素。花含hyperforin及adhyperforin。全草尚含少量咖啡酸、绿原酸、胆碱、菸酸、β-谷甾醇、无色花青素、胡萝卜素、维生素C及鞣质（约10%）。此外，将干燥植株与0.5%氢氧化钠溶液共沸，可得到一抑菌作用的制剂伊马宁（imanin）；在植物生长2-3年的芽期、盛花期或幼果期所含的抗菌物质较多。又从丙酮提取物的制剂新伊马宁（novlimanin，含有全草中绝大部分极性小的酚甙及小部分黄酮和双蒽酮化合物）中分离出一种新的抗菌物质贯叶金丝桃素（hyperforin）,为含有4个异戊烯类链状的双环四酮化合物。