也叫遗传变异度，进化距离。一般会标注在分支线上，进化支变化的程度，越短差异越小，进化距离越近。比如人基因1与人基因2的遗传变异度为 0.21+0.22=0.43。 遗传变异度实际基因组序列中每个位点碱基的替换频率，计算方法也很简单：变异度=变异碱基数/总碱基数(%)。我们常见的形式，通常以0-1的小数来表示，100个碱基位点的变异度大小。

我们可以从水平方向上的分支及长度，看到进化谱系随着时间的变化，进化分支长度越长着该分支对应的物种或基因的变化越大。比如，对应上图，我们可以描述为人基因1相对其他基因在进化时间上更早，而且在进化时间上鼠基因2晚。

有意思的是，根据基因序列相似度与进化时间假说对这种进化距离进行转换，就可以得到分子钟。比如，用它分析病毒进化树，甚至可以推断出初代病毒产生的时间点。