传统单细胞转录组技术基于poly(T)引物捕获mRNA的poly(A)尾进行单细胞标记，由于细菌不具备poly(A)尾，因此细菌单细胞转录组研究受到较大的限制。美格基因推出基于随机引物的单细胞全长转录组扩增技术（M20-Seq）的高通量单菌种单细菌转录组测序服务（MscRNA-Seq），实现在单细胞分辨率水平上对微生物功能进行研究，拓展细菌单细胞转录组研究新思路。

产品介绍

高通量单菌种单细菌转录组测序（MscRNA-Seq）是指利用高通量测序技术对单个细菌细胞的全部转录本（即RNA分子）进行并行检测和分析的过程。这一技术允许研究人员在单细胞分辨率下捕获和量化特定菌种或单一细菌细胞内的转录活性，进而深入探索细菌在不同条件或生长阶段下的基因表达模式、细胞功能状态、对不同环境刺激的转录响应以及细菌种群内部的异质性等。与传统的宏转录组测序或混合菌落的转录组测序相比，高通量单细胞转录组测序的优势在于其能够消除群体平均水平效应，揭示菌群内部的异质性，特别是对于那些在群体中比例较小但功能上至关重要的细胞类型或状态。

技术原理

基于随机引物的全样本高通量单细胞全长测序技术（M20-Seq），对细菌进行固定透化后，使用随机引物与细菌内的RNA结合，对全转录组的RNA分子进行原位逆转录。通过末端转移酶（TdT）将捕获接头添加到cDNA的3’末端后，进行高通量单细菌标记，实现对每个样本1,000-20,000个细菌进行转录组检测，进行mRNA研究。

图1. 实验流程图

图2. 反转录流程

应用

产品优势

送样量要求

要求细菌数量≥1000万，无明显碎片杂质，结团率≤20%。

分析流程

图3. 分析流程图

文章案例

案例：Droplet-based high-throughput single microbe RNA sequencing by smRandom-seq—基于微液滴的smRandom-seq高通量单微生物RNA测序。

期刊：Nature Communications

时间：2023.08.23

DOI：10.1038/s41467-023-40137-9

图4. smRandom-seq鉴定了对氨苄西林反应不同的亚群

使用氨苄西林（AMP）对大肠杆菌进行处理，对大肠杆菌的不同处理时间点的样本进行M20-Seq单细菌转录组检测。结果揭示了亚群间表达模式相关性较低，说明随着暴露AMP时间的推移，细菌的基因表达模式存在差异。这种异质性表达模式在混此测序中往往被掩盖，但通过M20-Seq技术的单细胞测序却能发现。返回搜狐，查看更多

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