【流式“新生”秘笈】流式通关第一式 |
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招式一:读懂流式图 科研人员都知道,在各大期刊上都会出现流式图,无论是否做流式实验,流式图都会出现。那么究竟应该如何解读流式图呢? 我们先了解几个最简单的。 A.双参数图:根据每个事件的双参数值绘制x和y维度 1.前向/侧向散点图 常见的散点图横纵轴分别为FSC与SSC,分别代表细胞的前向和侧向参数,反映的是细胞大小和内容物的多少(如下图所示)。不同细胞的“物理”状态是不同的,且大小不一。而细胞质的复杂程度与功能密切相关,所以不同的细胞才会有不同的形态,有的大而丰富,有的小而紧凑。散点图就像细胞的一面“镜子”,不同细胞在这面“镜子”中呈现出了不同的大小和胞内物质的复杂程度。 通常在流式操作过程中,最开始都会生成FSC-SSC图(如下图所示)来观察细胞群的物理性质,通过该图可以圈出研究人员感兴趣的细胞群,在后续操作中完成进一步分析。 2.单荧光-侧向图 如下图所示,主要用于白血病分型以及区分细胞死活。 3.荧光强度图 如下图图所示,不带有红/绿两个荧光的细胞就会被分在Q3,就是两种荧光强度都很低的细胞群,也就是“阴性细胞群”;那么相应的,第一象限Q1中的点就代表两种荧光强度都很高的“双阳性”细胞群(同时带有红/绿)亮色荧光。 剩下的两个象限中的点的含义也就不言而喻了,是单荧光标记的“单阳”细胞群。 荧光强度散点图在实际操作中最为常见,通过观察两种荧光染色的细胞分布,判断双阳/单阳比例,从而进一步圈出需要研究的细胞群体。 上图所示,是三幅是实际应用图,最左侧图是前向-侧向图,根据细胞的大小和颗粒程度来区分细胞;中间图是单荧光-侧向图,可以查看单一荧光在细胞上的表达情况;最右侧图为双色萤光图。 4.等高线图 “等高线图”的横纵坐标是两种荧光的荧光强度(如下图所示),这种类型的图其实和单参数散点图很相似,相同密度的细胞会用线连在一起。 等高线图常用在地理上用于标记相同海拔高度的地点,而流式的等高线图展现的是一个细胞群里面细胞的聚集情况,越聚集的地方线会越密,代表了在此横纵坐标荧光强度中细胞是高度聚集的。 “等高线图”主要用于突出显示散点图中,距离的比较近的,不容易区分的细胞群。例如上图中右侧图,红色箭头所指的是Treg细胞群。用左侧的散点图不易看出的Treg细胞群,在右侧等高线图中一目了然. 5.密度图 而密度图,则可以形象理解为“天气预报”。 颜色越红代表细胞密度越大,密度图也有很大的用武之地,可以显示细胞群体的整体密度分布。 双参数图内容小结: 散点图显示的是“细胞的数量”(如下图所示),密度图和等高线图展示的是数据集中在哪里。对于稀少的事件,可以利用等高线图的轮廓来展示。 B.单参数直方图:最常见的直方图的横纵坐标分别为荧光强度和Count(细胞数目) 一个细胞所发射出的荧光信号强弱实际取决于它细胞抗原的多少,也就是抗原多的细胞,携带的能结合该种抗原的荧光抗体就越多,它就越亮。 上图两座“山峰”中,右侧“山峰”代表相对高表达FITC荧光的细胞数目;左侧“山峰”代表相对低表达FITC荧光的细胞数目。” 直方图其实就是细胞携带某一种荧光多少的一张图,荧光强度高代表该群细胞携带结合该种荧光抗体的抗原多。 *直方图通常用于表达荧光强度或者在数据叠加分析时,用于判断差异。 C.N维图 N维图的主要特点是可旋转,也就是可以从不同的角度去观测数据,这种强大的分析图形使数据可以从不同的角度完成分析,将很多参数整合到一起。BD FlowJo®软件可以轻松实现诸如此类的高阶功能。 事实上,读懂流式图只是进入流式武林的第一步,但却是极为重要的一步。作为一个“流式新生”,读懂流式图将有助于开展后续的研究操作,例如阅读文献、设计实验方案等。 【招式一秘笈来袭,流式“新生”牢记下面这张图哦!】 *所有流式图必须先看横纵轴的标记 “流式新生秘笈“招式一成功获得! 同时请让我隆重向大家介绍本次训练的额外收获:BD FlowJo®数据分析软件! 作为十大免疫学术期刊文章均有使用的流式数据分析软件,FlowJo®具备了强大功能: 功能一:tSNE降维算法 -无需繁琐设置 -可视化进度条 -结果显著,时间大幅缩短 功能二:正版FlowJo®具有Plugins定制功能 此外正版FlowJo®还为用户提供完善的售后服务和更新升级! 如何获得如此强大的分析软件? 您可点击下方阅读原文填写相关内容,获取FlowJo®免费30天试用! 版权声明和使用限制 本微信公众号归属BD,使用本账号或从本账号下载内容都表明您同意遵守以下声明:本账号包含的所有内容,包括但不限于内容的选择、结构或设计均由BD或其许可方所有,且受著作权法等其他知识产权法和反不正当竞争法的保护。未经BD事先书面同意,不得以任何方式修改、复印、复制、上传、发布、传输或散布本网站的全部或部分内容,包括任何代码和软件。您仅能出于个人目的从本网站下载内容,除非您同时满足以下条件才能以商业目的下载并使用本网站的内容:(1)未对该等内容作任何修改;(2)保留所有的版权和其他所有权声明;(3)已经获得BD事先书面同意;(4)并且当您展示或以其他方式使用该内容时,必须标注“经BD同意使用”。对本声明的任何违反均构成违法及不公平的商业行为,BD保留依照相关法律及规定向侵权者追究法律责任的权利。返回搜狐,查看更多 |
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