BEAST安装使用教程

2024-07-09 05:03:52| 来源: 网络整理| 查看: 265

# 简介

BEAST 2是用于分子序列的贝叶斯系统发生分析的跨平台程序。它使用严格或宽松的分子时钟模型来估计有根的，经过时间测量的系统发育。

它可以用作重建系统发育的方法，但它也是测试进化假设的框架，而无需以单个树形拓扑为条件。BEAST 2使用马尔可夫链蒙特卡罗（MCMC）在树空间上求平均，因此每棵树的权重均与其后验概率成正比。BEAST 2包括用于设置标准分析的图形用户界面和用于分析结果的一套程序。

官网：http://www.beast2.org/

# Linux下配置 # 下载beast和相关包

官网下载地址：

https://github.com/CompEvol/CBAN

https://github.com/CompEvol/CBAN/blob/master/packages2.6.xml

下载所有需要的包（依据个人情况下载）：

BEAST_with_JRE2.v2.6.0.Linux.tgz

https://www.beast2.org/download-linux-with-jre/ # 这个是带java的版本，就省得配置java了。

BEAST.package.v2.6.1.zip

https://github.com/CompEvol/beast2/releases/download/v2.6.1/BEAST.package.v2.6.1.zip

starbeast2 v0.15.5

https://github.com/genomescale/starbeast2/releases/download/v0.15.5/StarBEAST2.zip

SA v2.0.2

https://github.com/BEAST2-Dev/bdsky/releases/download/1.4.5/BDSKY.addon.v1.4.5.zip

BEASTLabs v1.9.0

https://github.com/BEAST2-Dev/BEASTLabs/releases/download/v1.9.0/BEASTlabs.addon.v1.9.0.zip

MM v1.1.1

https://github.com/CompEvol/morph-models/releases/download/untagged-74152ea8507b4e08d3ad/MM.addon.v1.1.1.zip

BDSKY v1.4.5

https://github.com/BEAST2-Dev/bdsky/releases/download/1.4.5/BDSKY.addon.v1.4.5.zip

# 上传到服务器

将所有包上传到服务器

# 安装beast

二进制包 BEAST_with_JRE2.v2.6.0.Linux.tgz 直接解压缩即可使用：

# 解压缩 tar zxvf BEAST_with_JRE2.v2.6.0.Linux.tgz # 设置路径 beast_root=/path/to/beast # 请修改为实际的解压后的绝对路径!!!! export PATH=$beast_root/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$beast_lib/lib:$LD_LIBRARY_PATH export JAVA_HOME=$beast_root/jre1.8.0_212 export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar 123456789# 安装其他包

创建包安装的根目录：

if [ ! -d ~/.beast/2.6 ];then mkdir -p ~/.beast/2.6 fi 123

然后将各个需要的包解压缩到这个目录即可安装成功：

unzip BEAST.package.v2.6.1.zip -d ~/.beast/2.6/BEAST # 2.6.0 -> 2.6.1 unzip StarBEAST2.zip -d ~/.beast/2.6/StarBEAST2 unzip SA.v2.0.2.zip -d ~/.beast/2.6/SA unzip BEASTlabs.addon.v1.9.0.zip -d ~/.beast/2.6/BEASTlabs unzip MM.addon.v1.1.1.zip -d ~/.beast/2.6/MM mkdir BDSKY unzip BDSKY.addon.v1.4.5.zip -d BDSKY # 官网下载的这个包目录层级不对，所以自己改一下 mv BDSKY ~/.beast/2.6 12345678910# 测试

直接运行 beast 命令，看是否可以成功启动。成功启动如下：

[zhenggang@ln2%tianhe beast]$ beast BEAST v2.6.1, 2002-2019 Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees Designed and developed by Remco Bouckaert, Alexei J. Drummond, Andrew Rambaut & Marc A. Suchard Centre for Computational Evolution University of Auckland [email protected] [email protected] Institute of Evolutionary Biology University of Edinburgh [email protected] David Geffen School of Medicine University of California, Los Angeles [email protected] Downloads, Help & Resources: http://beast2.org/ Source code distributed under the GNU Lesser General Public License: http://github.com/CompEvol/beast2 BEAST developers: Alex Alekseyenko, Trevor Bedford, Erik Bloomquist, Joseph Heled, Sebastian Hoehna, Denise Kuehnert, Philippe Lemey, Wai Lok Sibon Li, Gerton Lunter, Sidney Markowitz, Vladimir Minin, Michael Defoin Platel, Oliver Pybus, Tim Vaughan, Chieh-Hsi Wu, Walter Xie Thanks to: Roald Forsberg, Beth Shapiro and Korbinian Strimmer 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334

我们编写一个简单的 1.xml 输入文件，运行 beast 1.xml，观察是否能够正常运行，例如（部分输出）：

BEAST v2.6.1, 2002-2019 Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees Designed and developed by Remco Bouckaert, Alexei J. Drummond, Andrew Rambaut & Marc A. Suchard ... Thanks to: Roald Forsberg, Beth Shapiro and Korbinian Strimmer Random number seed: 1572754201802 File: 1_s_f.xml seed: 1572754201802 threads: 1 Loading package BEAST v2.6.1 Loading package starbeast2 v0.15.5 Loading package SA v2.0.2 Loading package BEASTLabs v1.9.0 Loading package MM v1.1.1 Loading package BDSKY v1.4.5 Loading package BEAST v2.6.1 t82_0: 5000 4 ... Start likelihood: -10843.63302484645 Writing file 1_s_f.log Writing file 1_s_f.trees Sample posterior likelihood prior 0 -10843.6330 -10768.6374 -74.9955 -- 1000 -9928.8676 -9865.9374 -62.9302 -- 2000 -9929.6049 -9862.7149 -66.8900 -- 1234567891011121314151617181920212223242526272829303132

官方算例可以前往 https://www.beast2.org/tutorials/ 学习。

# 以后用

可以将如下代码写在 ~/.bashrc 文件中，下回登陆即可自动加载 beast 了。

beast_root=/path/to/beast # 请修改为beast的安装路径!!!! export PATH=$beast_root/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$beast_lib/lib:$LD_LIBRARY_PATH export JAVA_HOME=$beast_root/jre1.8.0_212 export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar 123456# Windows下配置 # 下载beast

官网下载地址：http://www.beast2.org/

建议下载带java的版本，如果windows本地已有java环境，下载非java版本即可。

# 解压缩

使用解压缩工具解压缩BEAST_with_JRE.v2.6.2.Windows.zip即可，比如我们解压到了D盘，目录为D:\BEAST

# 配置Java

在windows下配置Java，就是设置系统环境变量即可，相关教程很多，下面还是赘述一下：

1.在开始菜单找到编辑系统环境变量

2.选择环境变量

3.在系统变量部分选择新建

4.输入变量名和变量值，如下图：

变量名：Java_Home 变量值：D:\BEAST\jre

5.修改Path环境变量，找到后选择编辑

6.在编辑环境变量页面选择新建

7.在输入位置写上Java的目录，然后点击确定

Java命令所在目录：%Java_Home%\bin

8.我们在选择新建，这次添加名为CLASSPATH的变量

变量名：CLASSPATH 变量名：.;%Java_Home%\bin;%Java_Home%\lib\dt.jar;%Java_Home%\lib\tools.jar

9.最后，我们点击确定即可。

![[beast-install-windows-p11.png" style="zoom:95%"/>

# 运行Beast 按快捷键Win+R，输入cmd，进入命令行输入d:后回车，进入D盘输入cd BEAST进入BEAST的解压目录输入运行命令java -jar %Java_Home%\..\lib\launcher.jar .\examples\testBSP.xml，即可运行。

这里详细说明一下上图中3这一步的含义，

java 是运行java命令 -jar %Java_Home%\..\lib\launcher.jar 是运行名为launcher.jar的模块，其中的%Java_Home%是刚才在系统环境中设置的环境变量，这里不需要更改，因为这个BEAST的压缩包的目录结构就是这样的 .\examples\testBSP.xml是因为在BEAST文件夹下有一个examples文件夹，里面有一个testBSP.xml测试文件

运行其他算例：

打开cmd命令行使用cd命令进入算例文件input.xml所在目录运行java命令 java -jar %Java_Home%\..\lib\launcher.jar .\input.xml 1

程序运行后如下图：

官方算例可以前往 https://www.beast2.org/tutorials/ 学习。

【本文地址】

公司简介

联系我们

今日新闻

点击排行

实验室常用的仪器、试剂和: 说到实验室常用到的东西，主要就分为仪器、试剂和耗

不用再找了，全球10大实验: 01、赛默飞世尔科技（热电）Thermo Fisher Scientif

三代水柜的量产巅峰T-72坦: 作者：寞寒最近，西边闹腾挺大，本来小寞以为忙完这

通风柜跟实验室通风系统有: 说到通风柜跟实验室通风，不少人都纠结二者到底是不

集消毒杀菌、烘干收纳为一: 厨房是家里细菌较多的地方，潮湿的环境、没有完全密

实验室设备之全钢实验台如: 全钢实验台是实验室家具中较为重要的家具之一，很多

图片新闻

实验室药品柜的特性有哪些: 实验室药品柜是实验室家具的重要组成部分之一，主要

小学科学实验中有哪些教学: 计算机计算器一般打孔器打气筒仪器车显微镜

实验室各种仪器原理动图讲: 1.紫外分光光谱UV分析原理：吸收紫外光能量，引起分

高中化学常见仪器及实验装: 1、可加热仪器：2、计量仪器：（1）仪器A的名称：量

微生物操作主要设备和器具: 今天盘点一下微生物操作主要设备和器具，别嫌我啰嗦

浅谈通风柜使用基本常识: 　众所周知，通风柜功能中最主要的就是排气功能。在

BEAST安装使用教程

BEAST安装使用教程

今日新闻

点击排行

推荐新闻

图片新闻

专题文章