BMP-3的车身和炮塔是铝合金焊接结构，若干重要部分镶钢做补强。动力组件由BMP-1/2的车头改为在车尾，为了乘员进出而在车尾加上两道有脚踏的车门，为此动力组件尽量造得扁平以降低高度。车尾门因为要迁就车尾的动力组件而被设计成一对小门，乘坐的步兵上下车皆要爬过此门，因此BMP-3乘员进出的便利性不及BMP-1/2。BMP-3乘员为车长，炮手和驾驶再加7名士兵，车长和炮手在双人炮塔中（车长在右而炮长在左），驾驶在车身前方中央位置，左右两侧各有一个士兵坐位，士兵坐位前方各有一挺PKT机枪，其余5名士兵坐在后方的运兵舱内，其座位也有枪孔可用手上的枪械向车外开火射击。

BMP-3的火力极为强大，炮塔上装有一门100毫米口径2A70型线膛炮，此炮能发射破片榴弹和AT-10炮射反坦克导弹，在2A70右侧为30毫米口径2A42机炮或2A72机炮，在2A70主炮左侧为7.62毫米口径PKT机枪。

如同BMP-1/2，BMP-3也是水陆两用车，它在水上行驶时改为由发动机带动一个喷水器向后方喷水，也因此其水上速度由BMP-1/2的7公里/小时加快至10公里/小时。

吸取了BMP-1/2在阿富汗内战的教训，BMP-3的车底强化了对地雷的防护。