肝素诱导的血小板减少（HIT）发生在1%的接受普通肝素治疗的患者中。 即使应用极低剂量的肝素也可能发生肝素诱导的血细胞减少（如，保持静脉或动脉通畅的用药剂量）。该机制通常是免疫性的。出血很少发生，更常见的是血小板过度聚集，导致血管阻塞及动静脉血栓形成，这可能会危机生命（例如，肢体动脉的血栓栓塞闭塞、中风、急性心梗）。

在检测与血小板因子4结合的肝素抗体的检测结果出来之前，任何血小板减少并出现新血栓形成或血小板计数下降超过50%的患者都应立即停止使用肝素。 使用非肝素抗凝剂（如，阿加曲班、比伐卢定、磺达肝癸钠）进行抗凝治疗是有必要的，至少应用至血小板数目恢复正常。

低分子量肝素（LMWH）的免疫原性比普通肝素低，但不能用于需抗凝的肝素诱导的血小板减少患者，因为HIT抗体与LMWH有交叉免疫反应。磺达肝素是许多患者可接受的替代品，但鉴于其 17 小时的长半衰期，不适用于可能很快需要手术或具有高出血风险的患者。对于肝素诱导的血小板减少患者以及如果需要长期抗凝治疗，华法林不能取代肝素。只有在血小板计数恢复后，才能开始服用华法林。