5️⃣ 蛋白质序列基本和特征信息分析(1) :蛋白质序列基本信息分析(氨基酸组成，理化性质，亲疏水等) |
您所在的位置：网站首页 › 蛋白质的物理性质主要有哪些 › 5️⃣ 蛋白质序列基本和特征信息分析(1) :蛋白质序列基本信息分析(氨基酸组成，理化性质，亲疏水等) |
| [序列比对和序列特征分析总目录](https://www.jianshu.com/p/878f2b2495ae
蛋白质是生命功能的执行者，一切生命活动都与蛋白质有关。 我们知道，蛋白质结构分为一级结构和空间结构，而空间结构包含二级三级和四级结构，空间结构是蛋白质功能的关键。而一级结构又决定空间结构，也就是说空间结构的信息蕴藏在一级结构中。 一级结构指的是蛋白质中氨基酸的排列顺序，和DNA一级结构一致。 也就是说蛋白质发挥什么功能，基本在一级结构中就确定了。 对蛋白质序列进行基本信息分析可以帮助了解蛋白质的基本信息。这主要有分子量，等电点pI,氨基酸组成，亲疏水性质等的分析。 5.1 强大的ExPASy（Expert Protein Analysis System）ExPASy提供一系列的蛋白质厉害性质的工具，包含的蛋白分析工具十分全面。瑞士生物信息学研究院进行维护，和前述的EBI和PIR联合组成了UniProt数据库。 注意：网站声明tools页面不再进行更新，但链接依然生效。 ExPASy 5.1.1 未知的蛋白质氨基酸组成分析AACompIdent该工具通过将未知的氨基酸组成百分比与Uniprot数据库中的蛋白质理论氨基酸组成百分比进行匹配，从而对未知蛋白质进行鉴定识别 AACompIdent image.png结果之一如下 image.png说明，邮件会有三张表格分别解释如下 1 第一张表，包含的蛋白质基于特定物种分类，但不考虑pI和分子量限制 2 第二张表，包含不考虑物种，pI和分子量限制的全部蛋白质 3 第三张表同时既基于特定物种，又考虑pI和分子量。 每张表的解释，Rank越靠前的,Score越低，分越低代表最优匹配。如果score为0表示，输入的未知蛋白的组成与数据库中的序列完全符合。 5.1.2氨基酸的理化性质分析包括氨基酸组成，pI，MW，消光系数，亲/疏水性。 工具：ProParam 提交的格式可以是Swissprot的记录号也可以是氨基酸序列，输入一段TIGD1序列，提交，结果如下部分结果解释 消光系数： 表示蛋白质对某波长的吸收能力。Protparam不考虑蛋白质二级和三级结构的情况下，根据氨基酸组成来估算消光系数。准确的需要实验获得。 体内半衰期：蛋白质在细胞内合成后，含量消失一半所需要的时间，用来衡量蛋白质的稳定性。Protparam可以预测蛋白质在人，酵母和大肠杆菌中的体内半衰期，可以作为其他物种内的参考。 不稳定系数：作文蛋白质在体外测试中稳定性的参考值。40以下，提示稳定性好，大于40提示蛋白质可能不稳定。 脂肪指数：蛋白质中脂肪族侧链氨基酸（Ala，Val，Leu，Ile）含量的相对值，可以作为球状蛋白质热稳定性增加的一个有利因素。 蛋白质的总平均亲水性：预测蛋白质中所有氨基酸的亲水性值总和初一氨基酸残基数量得到。 5.1.3 蛋白质的亲疏水性分析疏水性氨基酸具有相互聚合隐藏到蛋白质分子内部的趋势，这种力称为疏水作用力，维持蛋白质三级结构的主要作用力。因为氨基酸的亲疏水性是构成蛋白质折叠的主要驱动力之一，因此蛋白质亲水性分布可以反映蛋白质的折叠情况。 蛋白质总体折叠结构是亲水基团向外，疏水基团向内，并在跨膜区形成高疏水值区域，据此可以测定蛋白质的跨膜螺旋等二级结构的位置。 工具ProtScale image.png 结果如下结果说明 纵坐标Score，大于0表示疏水性，小于0表示亲水性。 |
今日新闻 |
点击排行 |
|
推荐新闻 |
图片新闻 |
|
专题文章 |
| CopyRight 2018-2019 实验室设备网 版权所有 win10的实时保护怎么永久关闭 |