蛋白质是由氨基酸脱水缩合组成的链状大分子化合物，含有两个游离的末端，即氨基端（N端）和羧基端（C端）。蛋白质的C端和N端有着特殊的意义，研究表明蛋白质N端序列与蛋白质的寿命和亚细胞器定位等有密切关系；C端序列影响蛋白质和多肽的空间结构和生物功能。蛋白质C端和N端测序研究有利于分析蛋白质的高级结构，揭示蛋白质的生物学功能。

蛋白质的N末端指氨基（-NH2）端，是蛋白质合成的起始端。蛋白质N末端测序就是对N-末端的氨基酸种类和排列顺序进行准确分析。随着生命科学研究和测序技术的发展，蛋白质末端序列的分析方法也不断更新、进步。目前，测定蛋白质或多肽N末端的方法主要有Sanger法、酶降解法、Edman法、二硝基氟苯法（FDNB法）、丹磺酰氯法（DNS法）和基于质谱的方法，其中Edman法和质谱法在N末端序列分析中应用最广。

目前，C末端测序技术还不够成熟，常用的蛋白质C端测序方法主要有羧肽酶法、化学法和串联质谱法等。羧肽酶法和化学法的策略是通过酶解法或化学试剂裂解法获得C端氨基酸，再结合液相色谱或质谱技术对氨基酸种类进行鉴定。串联质谱法测定蛋白质 C端序列的原理是将蛋白质样品酶解、消化成肽段混合物，然后对肽段混合物进行串联质谱分析，通过一级质谱信息选择C端肽段离子进行二级质谱分析，再根据二级质谱数据结合相应软件和数据库计算蛋白质的C端氨基酸序列。