在这一部剧场版中，大和有了台词，并且成为了主要角色之一。与漫画版不同，剧场版的大和可以理解为是站在了伊401这一边。剧场版的大和只有一个心智模型。

剧场版前半段武藏在独自会见伊欧娜时提及了大和：大和和武藏之所以有心智模型是为了和千早翔像有沟通，两人称翔像为父亲大人。本来双方已取得理解，但千早翔像的手下却背叛了翔像(原因不明，据测可能是对于海雾的不信和畏惧)并杀了他。武藏悲愤之余杀父之仇，杀了在场所有的人。大和与武藏的分歧就此产生：大和选择继续相信人类，而武藏由于人类的背叛而憎恶人类。两个总旗舰大打出手，最后武藏取得了胜利(实际是大和放弃了抵抗)。大和在沉没时将自己的核心交给了伊401并让他去找翔像的儿子（也就是群像）让他继承翔像的遗志。武藏身边的翔像并非真人，而是武藏制造的幻影。

在伊欧娜与武藏决战的时候，伊欧娜的护盾已被武藏一发超重力炮打掉将近90%，做好了觉悟的伊欧娜冲出了船舱，解放了大和的核心，让大和以自己的船体和心智模型重生。

在伊欧娜解放了大和的核心后，伊401的船体吸收了大和遗骸的纳米物质而变身超战舰大和，伊欧娜的外表也发生了改变：身上穿的衣服变成了类似于婚纱的白纱裙。

以伊401船体和伊欧娜重生的大和与武藏展开了战斗。最初大和想说服武藏然而武藏拒绝了大和的一切建议。武藏有极多的超重力炮但大和凭借镜像系统化解了武藏的攻击，两人势均力敌。但最后武藏还是败给了大和。

在精神空间中，大和抱着即将消失的妹妹武藏以Admiralty Code的名义向所有海雾战舰发出了最后的命令：所有的海雾战舰从此以后要以自己的意志生存下去，也就是说，海雾战舰们不用再听从任何人的命令，都自由了。随着武藏被打败，伊欧娜也开始逐渐消失，最后化为了光离子消失在了空气中。

推测：根据ED后的彩蛋，群像父母坆上的吊坠是之前群像给伊欧娜买的，可能说明伊欧娜还在，而彻底消失的是大和。