液相色谱仪根据应用方向可以分为制备、半制备、分析等类型，使用前两种的应用都是为了制备样品，而后一种则是为了分析样品，做定性定量实验。它们在原理上相同，却也有着各自的区别，现在对前两类液相色谱仪进行比较。

都是制备型仪器，制备、半制备液相色谱仪针对的样品量和分离速度不同，半制备分离纯化的样品量少，由于泵的压力和流速会低一些，分离效率会相对低一些。但它在纯化小样和分离微量元素方面有很大用途。制备型仪器可以用在生产中，比如食品原料中农残去处，药品生产中去除无效成分或有毒成分等。半制备型仪器更多用在实验中，它经常和全自动固相萃取仪搭配使用来更大程度纯化样品。由于泵的功率不同，仪器中各个部分的尺寸和材质也略有不同，半制备型仪器中各部分需要承受的压力较小，处理样品量少，所以从色谱柱到管道、阀门等通量都较小，而制备型仪器就要大一些以应对较大量的样品进入。操作方面基本一致，除了尺寸外没有什么其它实质区别。

它的应用范围比较大，而且有不断拓展的趋势。制备纯化样品是它的基础功能，通过色谱分离，样品中目标物质被分离出来有待进一步研究，比如分离水样中有机物、食品中黄曲霉素以备分析等。然后是天然药物成分研究，有助于中医药学的发展。分析前人留下的珍贵药典，通过药性研究造福人类。提高产品质量，以提高它的价值和效用，比如纯化药品、纯化蛋白质制品等。还有一个方向是用于产品合成的研究，通过获得一些纯度较高的化合物将以促进合成实验的进行。