TCGABiolinks下载TCGA数据做生存分析
2019-06-10
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以前的工作是全基因组或全外分析,不涉及癌症和生存分析,但现在的工作主要围绕癌症方面,生存分析一定少不了。实验室小伙伴推荐用TCGAbiolinks下载TCGA的数据,于是研究了如何用TCGABiolinks下载TCGA的数据,以下载RNA的count数据为例,并做生存分析。
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# 安装相关的包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("TCGAbiolinks")
BiocManager::install("SummarizedExperiment")
install.packages('survival')
install.packages('survminer')
library(SummarizedExperiment)
library(TCGAbiolinks)
library(survival)
library(survminer)
# 项目的概括信息,project的名称可以从 https://portal.gdc.cancer.gov/ 上面选择对应的器官,进入之后左侧列表中就会显示。我们以下载TCGA-LIHC项目的数据为例。
TCGAbiolinks:::getProjectSummary("TCGA-LIHC")
# 获取该项目样本的临床信息
clinical |