喝水的时候喉咙发出咕咚咕咚响，通常分为生理性因素和病理性因素。喝水的时候喉咙发出咕咚咕咚响的原因，需要根据患者的具体情况进行分析，是否需要进行治疗。

1、生理性因素：在喝水的时候，由于需要进行吞咽运动，水在喉部会受到咽喉肌肉的挤压作用，从而产生咕咚咕咚响的声音。此外，喉部本身的收缩也会发出声音，如果在猛喝水的时候，喉部的软骨以及关节，可能会发出比较大的声音。如果比较慢地小口喝水，发出的声音可能比较小，不容易被察觉；

2、病理性因素：若咽鼓管功能存在异常，在喝水的时候，喉咙也会出现咕咚咕咚响的情况。此时由于咽鼓管异常开放，在吞咽食物的时候，能听到喉咙发出的声音，每次喝水进食都会出现这种情况。此外，喝水时候的咕咚咕咚响，也可能并不是喉咙发出的声音，当咽鼓管狭窄闭塞的时候，由于咽鼓管不能定期开放，从而造成耳道负压，会出现吞咽的时候耳朵里有咕咚咕咚响的情况。