Linux 下bsub命令 |
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一、bsub
bsub,提交给lsf作业的命令。 命令格式 bsub [options] command [argument] bsub -pack job_submission_file
-q 选择队列 -i 指定输入文件 -I 交互模式,此时终端不能输入 -o 指定输出文件,作业提交后标准输出的信息会保存到这个文件中。 -e 指定输出文件,作业提交后标准错误输出的信息会保存到这个文件中。 -n 指定作业需要的CPU核 -J 作业的名字 -w ‘dependecy_expression’ , 提交作业前,指定操作。 操作有: done ended, 如 –e “ended(aaaa*)” , 表示作业名中有aaaa的作业,完成之后才可以提交作业 exit -W 限定作业运行时间 -K 提交作业,并且等待作业完成。当提交作业后,终端打印“waiting for dispath”。当作业完成后,终端打印“job is finished”。作业没有完成,不能提交新的作业。
%J,可表示作业号 LSF(load sharing facility)是分布资源管理的工具,用来调度、监视、分析联网计算机的负载。 目的: 通过集中监控和调用,充分共享计算机的CPU、内存、磁盘、license等资源
一组安装了LSF软件的计算机组成了一个cluster。cluster内的资源统一监控和调度。 server host:cluster内提交和执行job的计算机 client host:cluster内仅仅提交job的计算机 JOB –提交给LSF的命令 -LSF负责调度、控制、跟踪job
命令 l bjobs :查看系统的job l bsub:提交作业 l bhist:查看作业历史 l bkill: kill一个作业
bqueues命令,可以查看队列情况 参数 解释 QUEUE_NAME 队列的名字 PRIO 队列的优先级,数字越大,优先级越高 STATUS 状态 Open:Active : 表示已激活,可使用 Closed:Active: 表示已关闭,不可使用 MAX 队列对应的最大CPU核数 l 表示无限 JL/U 单个用户同时可以使用的CPU核数 NJOBS 排队、运行和被挂起的总作业所占CPU核数 PEND 排队中的作用所需CPU核数 RUN 运行中的作业所占CPU核数 SUSP 被挂起的作业所占CPU核数
bsub提交的作业,有一个JOBID和JOB_NAME。JOBID不可设置,JOB_NAME可以设置。 bsub命令的 –J 参数,可以指定 JOB_NAME。 一个c程序,如下所示: 编译生成a.out可执行文件,然后将该文件通过bsub提交,执行。
通过busb命令,将该a.out可执行文件,提交8次作业。-J参数,执行作业的名字。-o参数指定lsf执行该可执行文件的输出,保存到指定文件。 最后要等待这些作业完成,通过以下bsub命令。 bsub –I –w “ended(aaaaaaaaaa*)” echo “a.out finished” 提交一个作业,只是打印信息: l -I参数,表示和终端交互,后续提交的任务要等这个任务完成后,才可以提交 l -w ”ended..” 指定该作业要等作业名中有aaaaaaaa的作业都完成后,才可以提交。 执行这些命令的打印信息。每个任务有一个JOB_ID。 执行的过程中,通过bjobs 命令,可以查看作业情况。对于最后一个任务,状态是PEND的,因此要等之前的任务都完成之后,才可以执行。
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