境内山峦起伏，清溪纵横。地势北高南低，地貌呈中山、低山、丘陵、山间盆地和狭窄的河谷平畈相交织特征。位于祁门与石台县之间的省级重点自然保护区牯牛降，主峰海拔１７２７米；位于祁门、石台、东至三县的仙寓山，主峰高１３７５米，这一地域，是优质祁红原料的生产基地。

山地占全县总面积的９０％，海拔高度多在６００米左右，茶园大部分分布在海拔１００－３５０米的峡谷山地和丘陵地带。祁红茶区属亚热带季风气候，温暖湿润，雨量充沛，四季分明。春夏季节云雾缭绕，“晴时早晚遍地雾，阴雨成天满山云”，“云以山为体，山以云为衣”，并因山高林密形成许多小气候地域，自然环境优越，茶叶品质优良。

温度：总的特点是：气候温和，春暖夏热，秋爽冬寒，无严寒酷暑，四季变化有序。年平均气温１５．６℃。最热为７月，平均气温２６℃左右。最冷为１月，平均气温４℃。绝对最低温度为－９℃，一般对茶树不构成冻害。年平均无霜期２２０－２３０天。由于茶区多数系山区，地形起伏，山岳连绵，从而气温的垂直变化也很明显。在地形较高的山区，一般气温偏低，湿度较大，雨量较多，云雾较重，适宜茶树生长。

光照：祁红茶园周围树多林密，形成自然的遮荫作用；同时在春夏季节，阴雨连绵，即使天晴，也常是云雾笼罩山巅，减弱了日光的直射强度。平均每年晴天５０多天，阴天１７０天左右，雨雾天１５０天。年均日照时数１８６１．６小时，年日照率为４５％。这种环境为祁红香气馥郁，叶汁醇厚而不苦涩，滋味芳香隽永等特点的形成奠定了一定基础。

降水：年平均降水量高达１６００－１８００毫米，雨量分布以春夏最多，占全年雨量的６０％－７０％，气温高于１０℃期间的降水量达１２００－１４００毫米，与茶树生长需水量相吻合。春夏季节相对湿度都在８０％左右。

土壤：土壤主要由千枚岩、紫色页岩等风化而来，有七大类，即红壤、黄壤、黄棕壤、石灰岩土、紫色土等，其中适宜种茶的红壤、黄壤、黄棕壤、石灰岩土占总面积的８６．７％。土质肥厚，结构良好，透气性、透水性和保水性均较佳，含氧化铝、铁成分也较丰富，水分充足。土壤酸碱度适中，ＰＨ多在５-６之间。

河流：祁门河流山溪纵横，有阊江由北向南，经县城和南乡倒湖，流入鄱阳湖；历水源于历山会阊江于倒湖；率水系新安江之上游，经祁门直达屯溪、杭州。此外，尚有小北巷水及大小溪流遍布全县。沿河（溪）两岸狭长地区，冲积出许多河洲，洲上种有茶树，俗称“洲茶”。每年雨季，河（溪）水涨落，泥土沉积茶园之内，茶树根系发达，芽叶肥厚，内含化学成分丰富，所制工夫红茶品质就属上乘。洲茶约占全县茶园总面积的１０～１５％。

正是有了这些得天独厚的自然环境，才孕育出了这世界上独一无二的祁门红茶，才有了这世界上最伟大的“祁门香”。